本发明属于海洋鱼类线粒体基因组控制区研究领域,涉及一种海洋鱼类线粒体基因组控制区的扩增引物,由两条单链寡核苷酸组成,其中轻链引物为如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列;重链引物为如SEQIDNo.2所示的核苷酸序列。本发明还提供了所述的扩增引物的设计方法及利用该扩增引物对海洋鱼类线粒体基因组控制区进行扩增的方法。本发明的扩增引物可以高效特异性地扩增多数海洋鱼类线粒体基因组控制区,能适应鱼类种质资源大规模调查分析,从而为快速有效获取海洋鱼类线粒体控制区序列以进行种类鉴定、种质资源调查及控制区进化研究提供了一个有力工具。