本发明提供一种抗肝癌基因药物组合物,包含安全、有效量的反义fup1基因和/或小分子干扰RNA,及药学上可接受的辅剂。其中所述反义fup1基因具有序列表中SEQ IDNO:2所示DNA序列,所述小分子干扰RNA包含序列表中SEQ ID NO:3所示RNA序列。还提供采用ambion网站提供的RNAi设计软件,针对fup1的编码区设计小分子干扰RNA的抗肝癌基因药物筛选方法。进一步提供包含序列表中SEQ IDNO:3所示RNA序列的抗肝癌小分子。本发明以在肝癌细胞中高表达的基因fup1为药靶,针对其基因序列设计拮抗分子,为肝癌的基因治疗提供了有力的武器,并为进一步筛选抗肝癌的基因药物提供了很好的筛选平台。