本发明提供了一种快速筛查荷斯坦牛HH5遗传缺陷基因携带者的方法,属于基因突变检测技术领域,本发明以已知基因型的HH5野生型纯合子荷斯坦公牛和HH5携带者荷斯坦公牛为参考样本,发现突变型等位基因在融合位点发生9bp的插入,该InDEL分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明针对该InDEL分子标记,设计了特异性的引物,实现对荷斯坦牛HH5遗传缺陷野生型与突变型的快速准确分型。基于此本发明提供了快速筛查荷斯坦牛HH5遗传缺陷基因携带者的方法,该方法操作简单,灵敏度高,准确性强,检测成本低,在牛的遗传疾病的筛查和育种过程中具有重要应用价值。