本发明公开了大豆脂氧合酶基因功能分子标记开发及其应用。本发明涉及分子生物技术领域,具体涉及大豆脂氧合酶基因功能分子标记开发及其应用。本发明通过检测待测大豆基因组中SNP的多态性或基因型,根据基因型鉴定或辅助鉴定大豆腥味性状,SNP‑S0003为序列表中SEQ ID No.1的第1112位核苷酸,其为A或T;SNP‑S0037为序列表中SEQ ID No.2的第2955位核苷酸,其为T或C;SNP‑S0051为序列表中SEQ ID No.3的第4505位核苷酸,其为A或C,可将检测所述SNP多态性和基因型的物质与其他物质联合在一起制备鉴定大豆无腥味的产品。