本发明属于分子生物技术领域,更具体而言,涉及一种鉴别烟与非烟的烟草属特异性分子标记及其应用,所述的烟草属特异性分子标记编号为Ntsp027和Ntsp151,其PCR扩增产物核苷酸序列分别为SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示。所述的应用为利用上述烟草属特异性分子标记对涉案制烟原料基因组DNA进行PCR扩增,检测是否存在特异性的PCR扩增产物核苷酸序列,据此,精确判断该涉案制烟原料中是否有烟草材料存在。本发明所述的一种烟草属特异性分子标记实现了烟与非烟的快速、有效鉴别检测,提高了涉案制烟原料鉴别检测工作的科学性、准确性和权威性,降低了司法风险,为烟草行业专卖工作中的打假缉私提供强有力的司法证据。