本发明提供了一种通过高通量靶向测序实现猪15种病原同时检测的引物组及应用,涉及靶标基因检测的高通量技术领域,所述通过高通量靶向测序实现猪15种病原同时检测的引物组,包括核苷酸序列如SEQ IDNO.1~SEQ ID NO.302所示的引物,所述病原靶标基因核苷酸序列如SEQ IDNO.303~SEQ ID NO.344所示。本发明所述引物组用于针对15种猪呼吸道病原的42种靶标基因扩增子测序检测分析方法,具有快速、高效、高靶向、特异性强等技术优点,适用于猪场患病猪的病原快速、准确与多病原同时诊断。