本发明公开了一种与棉花纤维长度相关的分子标记及其应用，属于棉花遗传育种技术领域。所述分子标记位于棉花基因组第16号染色体，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，包括突变位点SNP 1；所述SNP 1为chr16_41836768AG。本发明发现该位点与棉花纤维长度相关，并通过试验验证了，AA基因型个体纤维长度显著高于GG型个体(p0.05)，为优势基因型。本发明提供的分子标记可以准确的鉴定棉花纤维长度性状，有利于培育纤维品质较好的棉花个体，剔除纤维品质较差的个体，提高棉花的纤维品质，从而为优质棉花的选育提供科学依据。
本发明公开了鉴定棉花纤维比强度和马克隆值的SNP分子标记及应用，所述SNP分子标记有两个，分别为chr23_16630630和chr23_16596338；chr23_16630630位于SEQ ID No.1所示的核苷酸序列的第201位，且该处碱基为T或C；chr23_16596338位于SEQ ID No.2所示的核苷酸序列的第201位，且该处碱基为A或G。本发明在QTL定位基础上发现两个SNP标记，这两个标记在鉴定纤维比强度和马克隆值方面效果显著，可用于棉花纤维比强度和马克隆值分子标记辅助育种。
本发明属于农作物培育技术领域，具体涉及一种用于陆地棉第一果枝节位基因分型鉴定的KASP分子标记引物组及其应用。KASP分子标记引物组中，正向引物包含如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示序列；反向引物包含与SEQ ID NO：3所示序列。该KASP分子标记引物组可以对陆地棉第一果枝节位进行准确基因分型，进而可以准确鉴定第一果枝节位，提早预测材料的早熟性和株型，为加快适机采棉花新品种的选育效率提供更多标记资源。
