本发明涉及一种快速鉴定紫花和黄花苜蓿杂交的方法,所述方法,步骤如下:步骤如下:1)首先对紫花苜蓿与黄花苜蓿进行杂交,然后将紫花苜蓿SEQ ID NO.2与黄花苜蓿的QHS1基因SEQ ID NO.3进行比对,筛选一段具有核苷酸序列变异的非保守区域作为DNA分子标记,其为SEQ ID NO.1;2)提取紫花与黄花苜蓿杂交后代的gDNA,以紫花与黄花苜蓿杂交后代的gDNA作为模板进行PCR扩增;3)琼脂糖凝胶电泳进行产物鉴定;4)结果判定,电泳谱带若同时包含紫花与黄花苜蓿的QHS1基因变异片段则说明杂交成功,反之说明杂交失败。