本发明公开了一种辅助选择ptc1普通核不育系和繁殖系的分子标记及应用，分子标记为用于鉴别ptc1基因型的特异性长度多态性分子标记PT6，其DNA序列如SEQ ID NO.1所示。本发明利用缺失的26bp碱基序列设计一种ptc1普通核不育系和繁殖系的特异性长度多态性分子标记，用于快速鉴定ptc1繁殖系，减少繁殖系筛选工作量并缩短新型繁殖系和ptc1普通核不育系的培育周期，为简便、快速、高通量地第三代杂交水稻分子标记辅助育种技术体系的建立提供了技术支撑。
本发明涉及一种鉴定水稻稻瘟病菌的引物组及其筛选方法和应用。所述引物组包括正向引物和反向引物，引物组中的多个引物的序列如序列表中SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:200所示。所述引物组的筛选方法，包括：1)将稻瘟病菌的基因组序作为查询序列，并与基因组序列数据库进行比对，将所有基因组序列比对整齐；2)沿着比对整齐的基因组序列做平移；每平移一次对窗口内多个稻瘟病菌的基因组片段进行两两比较，留下有区分度的基因片段作为候选标记位点；3)对每个候选标记位点在多个基因组间的保守区域进行引物设计；4)筛选出引物组。该引物组能够准确且低成本鉴定水稻稻瘟病菌。本发明还包括上述引物组的应用。
本发明公开了一种调控水稻雌性器官育性的基因及其编码蛋白和应用，其中调控水稻雌性器官育性的基因为OsMLH3基因；OsMLH3基因的序列为SEQ ID NO.3的核苷酸序列。由OsMLH3基因编码得到的蛋白氨基酸序列为SEQ ID NO.4的核苷酸序列。OsMLH3基因可应用于调控水稻雌性器官育性，培育出新的水稻雌性不育恢复系。
本发明公开了水稻镉积累分子标记及其在改良水稻籽粒镉积累上的应用。本发明公开的水稻镉积累分子标记为水稻7号染色体8899129‑9307609区域的DNA片段，其为lcrf1或lcrf2，lcrf1为水稻7号染色体8899129‑9307609所示的DNA片段，所述lcrf2为序列表中SEQ ID No.1所示的DNA片段。本发明发现该水稻镉积累分子标记与水稻籽粒的镉积累有关，水稻镉积累分子标记为序列表中SEQ ID No.1的纯合水稻在高镉污染田种植具有籽粒镉低积累的特性。因此，可以通过杂交、回交等育种方法将该DNA片段导入其他背景来选育籽粒镉低积累的水稻新品种。
