本发明公开了水稻基因OsFBK4及其突变体与应用。本发明分离克隆了与植物株型生长发育相关的水稻基因OsFBK4，其核苷酸序列、cDNA序列及编码的蛋白质序列分别如SEQ ID NO：1‑3所示。在水稻半矮杆突变体RE9586中，该基因在第3外显子发生一个单碱基突变(基因组DNA 2626bp处A突变为G)。本发明通过基因敲除实验和过表达实验在水稻中验证了基因OsFBK4的功能，功能丧失型突变导致水稻植株变矮，过表达该基因可导致水稻株高变高。本发明为深入了解植物株高调节机理和水稻株型育种提供了新的基因资源。
本发明涉及OsCOL15基因在调控水稻抽穗期中的应用，OsCOL15基因的序列来自水稻品种日本晴，其cDNA序列如SEQ ID NO：1所示，该基因编码一个具有488个氨基酸的B‑box/CCT锌指蛋白，属于CONSTANS‑like转录因子基因家族。研究发现OsCOL15定位在细胞核中并具有转录自激活活性，并且OsCOL15基因具有节律表达模式。通过遗传转化实验，证明过表达OsCOL15基因在短日照和长日照条件下均延迟水稻抽穗。在水稻光周期开花途径中位于Ghd7和Ehd2的上游。
本发明提供OsCOL16基因在控制水稻抽穗期中的应用，基因OsCOL16来自水稻品种日本晴，其cDNA序列如SEQ ID NO:1所示，该基因编码具有448个氨基酸的B‑box/CCT锌指蛋白，属于CONSTANS‑like转录因子基因家族，遗传转化实验表明，过表达OsCOL16基因在短日照和长日照条件下均抑制水稻抽穗。进一步研究发现OsCOL16基因表现为昼夜节律表达，定位在细胞核中并具有转录自激活活性，通过上调Ghd7来抑制Ehd1、Hd3a和RFT1的表达，最终延迟抽穗。
本发明公开了水稻抽穗期主效QTL的分子标记及其应用。所述分子标记是H70和301K，其中，H70引物对由SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所述序列组成；301K引物对由SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示序列组成；这两个分子标记与抽穗期QTL紧密连锁，可用于鉴定和选育水稻抽穗期品种。本发明还公开了利用上述分子标记鉴定、选育水稻抽穗期的方法。本发明首次精细定位了位于第5染色体短臂上的控制抽穗期的主效QTL，并获得了紧密连锁的InDel标记H70和301K。只需检测这些标记的扩增条带特性，可以判断鉴定抽穗期主效QTL的变异存在与否，来预测水稻的抽穗期表型，用于指导水稻抽穗期改良的育种工作。
