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[发明专利]一种追踪土传植物致病菌传播耐药基因的荧光标记方法-CN202210321403.0有效
发明人：韦中;江高飞;张煜铃;徐阳春;沈其荣 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2022-03-30 - 公布日： 2023-08-15 - 主分类号： C12N15/65 文献下载
摘要：本发明公开了一种追踪土传植物致病菌传播耐药基因的荧光标记方法，通过荧光标记技术、乳糖操纵子技术和聚合酶链式反应技术结合，在植物致病菌基因组中glms基因后插入调节基因（lacI）和红色荧光基因；将含有LacI阻遏蛋白结合位点的lacZ启动子区域与绿色荧光基因的多重抗性可转移质粒转入至植物致病菌，植物致病菌仅红色荧光表达。通过植物致病菌跨种属传播ARGs评估方法，供体菌株体内抗性质粒转移至受体菌株，质粒荧光表达抑制解除，通过荧光显微镜和高通量流式细胞仪可进行分选回收。这种方法能追踪区分供受体菌株，有利于评价土传植物致病菌与ARGs的互作机制，为土传病害阻控策略的制定提供理论依据。
一种追踪植物致病菌传播耐药基因荧光标记方法

[发明专利]一种使用自监督特征学习的三代宏基因组分箱方法-CN202310216689.0在审
发明人： 江高飞;薛卫;刘佐;张家璇;韦中;徐阳春;沈其荣 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2023-03-08 - 公布日： 2023-06-30 - 主分类号： G16B40/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种使用自监督特征学习的三代宏基因组分箱方法，其包括步骤为：步骤一、在已测序基因组数据基础上生成模拟长reads；步骤二、将长reads送入自监督特征表示模型训练，并保存最佳模型参数；步骤三、模型训练后，将三代reads送入模型提取特征，宏基因组long reads序列通过特征表示模型转换成特征向量后，将输入到聚类层通过聚类层进行分箱。本发明避免了以往大多数方法只看重核苷酸频率和覆盖度等统计特征而忽视long reads本身序列特征的缺点，其使用的具有半监督性质的对比学习能够有效利用已有的数据库信息，避免了以往无监督学习的盲目性。
一种使用监督特征学习宏基组分方法

[发明专利]一种群体感应先导化合物的虚拟筛选方法及应用-CN202310234744.9在审
发明人： 江高飞;薛卫;张家璇;刘佐;韦中;徐阳春;沈其荣 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2023-03-13 - 公布日： 2023-05-30 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种群体感应先导化合物的虚拟筛选方法，主要流程包括：输入的分子化合物结构通过预处理构建分子邻接矩阵，送入GNN1网络生成化合物特征；输入的蛋白质序列，提取其蛋白质氨基酸组成、二肽频率组合成蛋白质初步特征向量，送入交叉网络，生成交叉融合特征；同时，将蛋白质序列生成对应的接触图，随后送入GNN2网络生成蛋白序列特征；最终将三个特征组合送入全连接层预测得到亲和力值。本发明可用于发现新的具有群体感应活性的化合物，为青枯菌等细菌的控制和防治提供新的思路和手段；同时该方法可以高效地筛选出与PhcA和PhcR蛋白结合的化合物，从而发现具有群体感应活性的化合物。
一种群体感应先导化合物虚拟筛选方法应用

[发明专利]一种评估致病力强度的报告体系-CN202310039660.X在审
发明人： 江高飞;韦中;张艺;徐阳春;沈其荣 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2023-01-11 - 公布日： 2023-04-25 - 主分类号： C12N15/74 文献下载
摘要：本发明公开了一种评估致病力强度的报告体系，通过如下步骤构建：首先构建青枯菌OE1‑1的ΔphcB突变体OE1‑1‑dphcB，接着将phcA的直接转录靶点xpsR的启动子区域与编码β‑半乳糖苷酶的大肠杆菌报告基因lacZ分别连接到pUC18‑mini‑Tn7T‑Gm质粒上，通过电激转入OE1‑1‑dphcB后，利用PCR反应筛选构建成功的菌株即为报告菌株。本发明将报告菌株与待测菌株共培养进行β‑半乳糖苷酶活实验，检测xpsR表达情况；xpsR表达情况与lacZ表达呈正相关关系，待测青枯菌株致病力越强，则β‑半乳糖苷酶活性越强，生化实验反应液显色越明显。
一种评估致病强度报告体系

[发明专利]一种检测青枯菌种内侵染动态的等位基因标记方法-CN202310112293.1在审
发明人：张勇;韦中;江高飞;张煜玲;陈敏;韩亮亮 -专利权人：西南大学;南京农业大学
申请日： 2023-02-14 - 公布日： 2023-03-31 - 主分类号： C12N15/74 文献下载
摘要：本发明公开了一种检测青枯菌种内混合侵染的等位基因标记方法。本发明通过聚合酶链式反应技术结合，在青枯菌基因组中glms基因后15nt插入由25bp随机序列组成的条形码。测定其适应性和毒力，等位基因标记菌株与野生型菌株无显著差异。利用聚合酶链式反应(PCR)和DNA测序技术检测条形码的频率，这种方法不仅能区分不同种青枯菌，有利于追踪青枯菌侵染过程和种内互作机制，为高效阻控土传病害提供理论依据。
一种检测菌种侵染动态等位基因标记方法

[发明专利]一种高通量检测土壤中致病菌污染物迁移的方法-CN202211108228.3在审
发明人： 江高飞;于嘉宝;俞胜男;韦中;徐阳春;沈其荣 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2022-09-13 - 公布日： 2023-01-17 - 主分类号： C12Q1/04 文献下载
摘要：本发明属于环境科学与微生物领域，具体涉及一种高通量检测土壤中致病菌污染物迁移的方法，首先利用GFP绿色荧光蛋白将致病菌标记，再结合流式细胞仪，快速高效地实现致病菌的土壤原位检测。本发明将分子生物学手段与流式细胞仪结合，利用此类菌株便可以完成快速高通量的精准定量检测，一个样品的检测时间只需要1.5min，一天可以轻松完成几百个样品的检测。
一种通量检测土壤致病菌污染物迁移方法

[实用新型]一种研究有益菌挥发性物质控制土传病害的装置-CN202222376100.7有效
发明人：俞胜男;韦中;瓦西姆;江高飞;张艺;徐阳春;沈其荣 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2022-09-07 - 公布日： 2022-12-27 - 主分类号： C12M1/34 文献下载
摘要：本实用新型公开了一种研究有益菌VOCs控制土传病害的装置，包括第一筒体，第二筒体，第一筒体的顶部敞口，第一筒体的底部与第二筒的顶部连接，在第一筒体和第二筒体的交界处设置有隔板，隔板开有若干圆孔，在隔板上垫有一层无菌过滤层；第一筒体与第二筒体连接处的外壁设有密封层。本实用新型下部筒体用于培养有益菌产生VOCs，上部筒体用于培育植株；在第一筒体底部打孔并铺垫无菌过滤层，既保证培养装置上下相连，使VOCs气体得以良好扩散进入第一筒体中的基质，又避免作物生长基质落入下部第二筒体；由第二筒体为有益菌产生的VOCs气体提供足够的扩散空间，并在两个筒体连接处外壁缠绕封口膜形成密封层，防止VOCs从中逸出。
一种研究有益菌挥发性物质控制病害装置

[发明专利]一种研究有益菌挥发性物质控制土传病害的装置-CN202211090491.4在审
发明人：俞胜男;韦中;瓦西姆;江高飞;张艺;徐阳春;沈其荣 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2022-09-07 - 公布日： 2022-11-08 - 主分类号： C12M1/34 文献下载
摘要：本发明公开了一种研究有益菌VOCs控制土传病害的装置，包括第一筒体，第二筒体，第一筒体的顶部敞口，第一筒体的底部与第二筒的顶部连接，在第一筒体和第二筒体的交界处设置有隔板，隔板开有若干圆孔，在隔板上垫有一层无菌过滤层；第一筒体与第二筒体连接处的外壁设有密封层。本发明下部筒体用于培养有益菌产生VOCs，上部筒体用于培育植株；在第一筒体底部打孔并铺垫无菌过滤层，既保证培养装置上下相连，使VOCs气体得以良好扩散进入第一筒体中的基质，又避免作物生长基质落入下部第二筒体；由第二筒体为有益菌产生的VOCs气体提供足够的扩散空间，并在两个筒体连接处外壁缠绕封口膜形成密封层，防止VOCs从中逸出。
一种研究有益菌挥发性物质控制病害装置

[发明专利]一种土壤细菌可移动遗传元件的宏基因组溯源分析方法-CN202210596560.2在审
发明人： 江高飞;韦中;张耀中;徐阳春;沈其荣 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2022-05-30 - 公布日： 2022-08-30 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种土壤细菌可移动遗传元件的宏基因组溯源分析方法，其步骤为：步骤一、构建MGEs数据库；步骤二、构建非冗余蛋白质集合；步骤三、使用Reads Mapping的方法对非冗余蛋白质集合进行MGEs信息注释，获取MGEs物种溯源信息；步骤四、通过筛选并去除冗余后构建MGEs物种溯源数据库；步骤五、对MGEs物种溯源数据库封装，搭建分析平台；步骤六、采集环境样品进行DNA抽提建库，用Illumina测序技术进行宏基因组测序分析，获取原始数据；步骤七、原始数据使用FastQC进行质控并去除人类基因组污染，获取质控数据Cleandata；步骤八、质控数据输入分析平台，获取MGEs物种溯源丰度表。本发明大大提高了MGEs分析的速度以及准确性，实现了基于宏基因组测序数据进行MGEs物种溯源的快速分析。
一种土壤细菌移动遗传元件宏基溯源分析方法

[发明专利]一种使用序列k-mer频率优化特征精准识别土壤致病菌污染的方法-CN202210294418.2在审
发明人： 江高飞;薛卫;韦中;张家璇;张耀中;徐阳春;沈其荣 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2022-03-24 - 公布日： 2022-08-02 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种使用序列k‑mer频率优化特征精准识别土壤致病菌污染的方法，其步骤为：步骤一、选取合适的k‑mer片段长度，进行频率特征提取；步骤二、对提取的数据进行归一化处理；步骤三、构建交叉融合神经网络；网络由输入层、残差网络、深度网络、交叉网络和特征合并层组成；步骤四、模型预测；第一次使用先训练神经网络参数，再将待预测细菌DNA序列通过步骤一方法提取频率特征，送入训练好的残差神经网络，输出预测结果。本发明准确率优于现有k‑mer特征预测算法；自动地将k‑mer特征组合在一起，高效学习低维特征交叉和高维非线性特征，生成更优的模型。模型不需要人工特征工程或遍历搜索，具有较低的计算成本。
一种使用序列 mer 频率优化特征精准识别土壤致病菌污染方法

[发明专利]一种利用宏基因组分析溯源土壤耐药基因污染的方法-CN202210310443.5在审
发明人：韦中;江高飞;张耀中;徐阳春;沈其荣 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2022-03-28 - 公布日： 2022-07-29 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种利用宏基因组分析溯源土壤耐药基因污染的方法，其步骤为：步骤一、构建非冗余耐药基因集溯源数据库；步骤二、封装非冗余耐药基因集溯源数据库；步骤三、土壤样品DNA抽提和建库；步骤四、采用Illumina测序技术完成土壤样品的宏基因组测序；步骤五、对测序数据进行质控并去除人类基因组污染，获取质控数据；步骤六、对质控数据进行耐药基因定量分析；步骤七、不同样品的耐药基因丰度总体比较分析并可视化。本发明不仅可以用于宏基因组质控数据的ARGs物种溯源定量分析，还可以使用该数据库进行ARGs注释；对微生物基因组序列进行ARGs注释时甚至可以评估其所携带的ARGs宿主来源，为抗性基因水平基因组转移等相关研究提供了技术支撑。
一种利用宏基组分溯源土壤耐药基因污染方法

[发明专利]一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法-CN202210596596.0在审
发明人： 江高飞;韦中;张耀中;徐阳春;沈其荣 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2022-05-30 - 公布日： 2022-07-22 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法，其主要包括：(1)构建基因集与蛋白质集；(2)蛋白质集比对SARG数据库后抽取比对上的序列构建ARGs物种溯源库用于耐药基因溯源分析；(3)基因集构建个性化物种数据库，用于宏基因组微生物丰度计算；(4)收集致病菌物种信息构建致病菌物种数据库，获取样本中致病菌丰度(5)计算生物复合污染指数。本发明本发明实现了耐药基因溯源，可以轻松追踪致病菌携带的耐药基因的情况，同时还重新整合了公共数据库中的致病菌物种并构建致病菌数据库用于分析结果中致病菌信息提取，提出新型的土壤生物复合污染计算方法，为复合污染量化计算提供参考依据。
一种利用宏基组分土壤生物复合污染方法

[发明专利]一种基于16SrRNA扩增子测序检测土壤致病细菌生物污染的方法-CN202210309960.0在审
发明人： 江高飞;韦中;杨欣润;徐阳春;沈其荣 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2022-03-28 - 公布日： 2022-07-05 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于16SrRNA扩增子测序检测土壤致病细菌生物污染的方法，其包括步骤为：步骤一、构建土壤非冗余致病细菌数据库；步骤二、完成对土壤/植物样品DNA的提取；步骤三、完成样品的16S rRNA基因测序，获得测序下机数据；步骤四、采用DADA2分析流程封装土壤非冗余致病细菌库，获得代表性序列；步骤五、将代表性序列与土壤非冗余致病菌数据库比对注释致病细菌，得到最终的ASV物种表，通过R语言对ASV物种表中不同样品的致病细菌组成、多样性特征等进行可视化作图。本发明能快速、精准检测致病菌，且不易受到样品污染的影响，可而可实现快速、全面、准确检测致病菌的目标。
一种基于 16 srrna 扩增子测序检测土壤致病细菌生物污染方法

[实用新型]一种测量细菌土壤原位迁移能力的实验装置-CN202120700438.6有效
发明人：韦中;张耀予;江高飞;杨天杰;王孝芳;徐阳春;沈其荣 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2021-04-07 - 公布日： 2021-12-21 - 主分类号： A01G7/06 文献下载
摘要：本实用新型公开了一种测量细菌土壤原位迁移能力的实验装置，包括筒体，沿筒体侧壁插入若干管道，在所述的管道外套设有尼龙网袋，管道伸入筒体内的一端由尼龙网袋套住封口；在所述的筒体内、管道内均装填作物生长介质。本实用新型是单层插孔装置，以透明塑料筒为筒体，起支撑、植物培养作用，同时便于观察作物根系生长情况；以尼龙网袋作为封口膜，能够在限制植物根系向管道中生长的同时使管道中介质受植株根系活动的直接影响，同时保证管道内环境只有在面向植物根系的端口可与周围环境中的土壤进行生物和非生物的物质交换。本实用新型实验装置可实现细菌的土壤迁移能力的原位测定。
一种测量细菌土壤原位迁移能力实验装置

[发明专利]一种东方伊萨酵母菌株ZT-C2及其应用-CN201810822897.4有效
发明人：钟增涛;曹亚君;江高飞;马东燕;尹显燕 -专利权人：南京农业大学;张家港市鸿屹水产养殖有限公司
申请日： 2018-07-25 - 公布日： 2021-08-10 - 主分类号： C12N1/14 文献下载
摘要：本发明公开一种东方伊萨酵母菌株ZT‑C2及其应用，除硫脱氮菌ZT‑C2，于2018年6月25日保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，菌种保藏号为CGMCC NO.16008，分类命名为：东方伊萨酵母(Issatchenkia orientalis)，地址为：北京市朝阳区北辰西路1号院3号，中国科学院微生物研究所，邮编：100101。经过试验，该菌株接种到污水中在12小时对水中的硫化氢去除率达到60％以上，24小时对水中的硫化氢去除率达到80％以上，20天后对污水中氨的去除率达到60％左右，23天后对废水中氨的去除率接近70％，进一步说明该菌种活力高，适应性强，除硫脱氮效率高。
一种东方酵母菌株 zt c2 及其应用

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