本发明公开了含特异分子靶标的唐菖蒲伯克霍尔德菌及其椰毒致病型标准菌株及其检测和应用,属于生物工程技术领域。本发明提供用于检测唐菖蒲伯克霍尔德菌及其椰毒致病型的特异性分子靶标,所述分子靶标为:(a)SEQ IDNO.1~SEQ ID NO.8所示的任意一种或几种核苷酸序列;或(b)在(a)中的核苷酸序列经过取代、缺失或添加一个或几个核苷酸且与(a)中核苷酸具有90%以上同源性的核苷酸序列。本发明提供了4株含有所述特异性分子靶标的唐菖蒲伯克霍尔德菌及其椰毒致病型标准菌株,该菌株产米酵菌酸能力具有典型代表性,可用于检验唐菖蒲伯克霍尔德菌选择性培养基的准确性,以及唐菖蒲伯克霍尔德菌及其椰毒致病型相关试剂验证的参考菌株。