本发明公开了一种基于CRISPR的大肠杆菌ST131系菌株检测引物、试剂盒及检测方法，属于分子生物学技术领域。该引物针对CRISPR3位点基因序列或者与该序列同源性达95％以上的同源序列设计合成，具体见序列表中SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2。本发明中检测方法以待测样本基因组DNA或单菌落为模板，利用上述引物进行PCR扩增，扩增产物与阳性对照有相同条带的判定为疑似阳性，回收疑似阳性的扩增产物，进行测序分析，检测出SEQ ID NO.4所示序列的判定为大肠杆菌ST131系菌株阳性。该检测方法操作简单，灵敏度高，特异性好，检测结果准确、可靠。
本发明公开了一种基于特异序列的大肠杆菌和志贺菌检测引物、试剂盒及检测方法，属于分子生物学技术领域。该引物针对大肠杆菌和志贺菌共同的一段特异序列(如SEQ ID NO.3所示)或其同源性达96％以上的同源序列设计合成，具体如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2所示。本发明中检测方法以待测样本基因组DNA或单菌落为模板，利用上述引物进行PCR扩增，扩增产物与阳性对照有相同条带的判定为疑似阳性，回收疑似阳性的扩增产物，进行测序分析，与SEQ ID NO.3所示序列相同或同源性达96％以上的判定为大肠杆菌、志贺菌阳性。该检测方法操作简单，敏感性和特异性高，与大肠杆菌、志贺菌的种属结果一致，检测费用低，具有良好的推广应用价值。
