本发明提供一种水稻花器官发育调控基因PEH1及其编码的蛋白质和应用,所述基因PEH1具有如SEQ ID No:1所示的核苷酸序列;所述SEQ ID No:1核苷酸序列中添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸而生成的核苷酸序列、等位基因或衍生物;所述蛋白质具有如SEQ ID No:2所示的氨基酸序列,所述SEQ ID No:2氨基酸序列中添加、取代、插入或缺失一个或多个氨基酸而生成的氨基酸序列或衍生物;所述基因PEH1及其编码的蛋白质应用于水稻的花器官发育调节。本发明利用该基因对水稻花器官发育进行调控,为深入研究水稻生殖器官发育的分子机制具有重要的理论及实际意义。