本公开公开了一种3D内窥镜高清视频采集传输系统,包括镜头、控制盒和视频接收端;所述镜头包括两路CMOS图像传感器和串行PHY芯片,用于采集视频数据,采集的视频数据通过M I P I接口输出给串行PHY芯片;所述控制盒与所述镜头通过双轴线缆连接,包括两路M I P I接口和解串PHY芯片;串行PHY芯片中的串行视频数据通过双轴线缆传输给所述控制盒;所述控制盒与所述视频接收端间通过FPD‑Li nk I I I串行总线连接,解串PHY芯片实现数据解串,解串后的视频分别通过两路M I P I接口输出给所述视频接收端;本公开解决了现有技术中传输可靠性差、电路体积太大不利于小型化、在内窥镜应用中的视频图像远距离传输时成本高的问题。