本发明涉及一种物种鉴定,具体涉及一种端斑库蠓的特异基因及其分子标记鉴定方法。端斑库蠓的特异基因,其包括:COⅠ基因、ITS2基因中的其中一种或两种的组合,COⅠ基因的序列为SEQ ID NO.1,所述ITS2基因序列为SEQ ID NO.2。端斑库蠓的双分子标记鉴定方法,其包括以下步骤,将待测物种的COⅠ和ITS2基因与端斑库蠓的COⅠ基因和ITS2基因分别进行序列同源性比对,若同源性均在98%以上,则认定待测物种为端斑库蠓。本发明提供端斑库蠓的COⅠ和ITS2的特异基因的组合,以实现端斑库蠓的准确鉴定,缩短鉴定时间。