本发明涉及一种用于海马药材鉴定的引物、DNA序列及鉴定方法,属于分子生物学领域,所述引物的序列如下:ATP6‑F:5'‑CAACCCCTTGAAACTGACAATGACA‑3'ATP‑R:5'‑GCTTGRATTATAGCAACGGCTACTTC‑3'。所述序列如SEQ ID NO:3‑68所示,或与SEQ ID NO:3‑68所示的序列具有至少99%序列同源性的序列。该方法可以实现对三斑海马、棘海马、太平洋海马、直立海马和鲍氏海马的准确鉴定。具体的说,本发明针对COI条形码在鉴定海马药材中的问题,引入一种以线粒体基因组中ATP6的DNA序列为基础的分子标记,为海马药材的种属鉴定提供一种快速、可靠和准确的新方法。