本发明公开了一种适用于杨属不同树种茎的通用内参基因及其筛选方法和应用,属于分子生物学技术领域。所述通用内参基因包括核苷酸序列依次如SEQ ID NO:1‑3所示的CNOT2、VPS35和CUL4基因。本发明公开的筛选方法能够获得现有报道以外的新内参基因,为不同杨树在各种不同条件下的茎部基因表达分析提供了更稳定、更理想的内参基因,对于开展杨树分子生物学研究和生物技术育种具有重要的指导作用;并利用qRT‑PCR验证实验,证实了新的内参基因的表达稳定性;该方法同样适用于其它属植物通用内参基因的筛选,为同一属内不同物种间的通用内参基因的筛选和鉴定提供重要参考。
本发明公开了一种促进杨树茎伸长和高生长的miRNA及其应用,属于植物基因工程领域。该miRNA为pde‑miR390b,其成熟体序列如SEQ ID NO:1所示,编码基因序列如SEQ ID NO:4所示。本发明克隆了pde‑miR390b编码基因,同时构建了pde‑miR390b编码基因的过量表达载体,使该基因在717杂交杨中过量表达,实验结果显示,过表达pde‑miR390b基因的转基因杨树与野生型相比,节间长度和植株高度显著增加。本发明为杨树遗传育种和改良奠定重要基础,并能进一步完善木本植物生长发育的分子调控机制研究,同时对于木本植物高生长和树形调整等生产问题具有重要理论指导意义。
本发明公开了一种分泌型小蛋白的预测和聚类方法。本发明的一种分泌型小蛋白的预测和聚类方法,包括如下步骤:(8)对于已分好组的SSP家族候选基因,使用非加权组平均法构建分组聚类树;(3)对拟南芥SSP家族基因的SSP家族motif使用邻接法构建进化树;(4)构建分组聚类树的软件为Mega7(Kumar et al.,2016),聚类树编辑使用网页版软件;(5)观察聚类结果,并将聚在同一枝的组标注为一类;对于所有SSP家族候选基因,同样使用公式(8)和公式(8)计算两两之间的距离,绘制热图,并使用UPGMA方法进行聚类。本发明为基因预测,分类和进化分析提供了有用的工具。