本发明提供一种鉴别猪圆环病毒2型和3型的二重FQ‑PCR检测试剂盒。本发明是针对PCV2和PCV3的Rep蛋白和Cap蛋白基因同源性较低的特点,分别以PCV2的Rep蛋白和PCV3的Cap蛋白基因作为扩增靶区域,各设计1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针(SEQ ID NO:1‑6),采用实时荧光定量PCR技术,实现对PCV2和PCV3的鉴别检测。本发明提供的检测试剂盒适用于疑似猪圆环病毒感染猪的鼻拭子、口腔分泌物、粪便、血清、肺脏、淋巴结、肾脏等样品中的病毒核酸检测,灵敏度可达1.0×101拷贝/μL,同易与其混合感染或感染症状相似的其他病原体之间无交叉反应。