本发明公开了一种杂草稻Os12g0622850基因甲基化鉴定的特异性分子标记引物及其应用，所述分子标记引物包括正向引物OsG1‑F1、OsG1‑F2、OsG1‑F3、OsG1‑F4、OsG1‑F5，和反向引物OsG1‑R1、OsG1‑R2、OsG1‑R3、OsG1‑R4、OsG1‑R5，分别具有如SEQ ID No.2‑11所示的核苷酸序列。本发明通过比较我国不同地区来源的杂草稻及水稻种群的特异性甲基化位点，开发基于DNA甲基化的海南地区杂草稻特异性筛选的分子标记引物，用于海南地区杂草稻和水稻种群特异性鉴定，同时联合利用杂草稻与栽培稻红色果皮基因RED4序列差异引物，用于杂草稻与水稻的快速分子鉴定，为内防海南地区杂草稻输出提供技术支撑。
