本发明提供了一种鲈鱼诺卡氏菌疫苗及其制备方法与应用。所述鲈鱼诺卡氏菌疫苗以鰤诺卡氏菌膜蛋白上的ABC家族的ATP结合蛋白(ABP)作为候选抗原,根据ABP的基因序列设计引物,克隆到载体中,获得重组质粒制备得到。ABP的氨基酸序列如SEQ ID No:6所示,其编码基因的核苷酸序列如SEQ ID No:5所示。培养ABP含原核表达重组质粒的工程菌种,发酵、破碎、纯化获得重组蛋白疫苗;培养ABP含真核表达重组质粒的工程菌种,大量提取去内毒素的重组质粒获得DNA疫苗;将甘露糖化壳聚糖包裹的真核重组质粒作为靶向DNA疫苗。本发明制备的重组蛋白疫苗、DNA疫苗和靶向DNA疫苗对鲈鱼诺卡氏菌病均有较好的防治效果。