本发明公开了一种猪内源性反转录病毒整合拷贝数的荧光定量PCR检测方法及其应用。该方法是采用基于SYBR Green I染料的荧光定量PCR技术对整合在基因组中的猪内源性反转录病毒拷贝数进行检测,检测对象是PERV pol基因保守区。该检测方法具有灵敏度高、特异性强、重复性好,并具有快速、简便、费用低廉的优点,能够快速准确的检测出PERV的拷贝数,并估算出单细胞基因组中整合的PERV拷贝数,既可用于异种移植的小型猪供体及猪源生物材料基因组中整合的PERV拷贝数的快速筛选,也可用于异种移植后PERV传播的长期监测与远期评估,具有较大的实际意义和广阔的应用前景。