本申请公开了一种卤醇脱卤酶突变体、其编码基因、含有该编码基因的重组质粒、含有该重组质粒的基因工程菌及其应用,属于基因工程领域。本申请卤醇脱卤酶突变体是以SEQ ID NO.1所示的原始卤醇脱卤酶的氨基酸序列为载体,对其氨基酸序列进行包括下述的组合突变:使第179位的天冬酰胺突变为亮氨酸;使第197位的苏氨酸突变为丙氨酸;使第198位的亮氨酸突变为酪氨酸;使第224位的丝氨酸突变为丙氨酸;以及使第227位的赖氨酸的突变为精氨酸。本申请组合突变能够使氨基酸序列产生定向改变,提高卤醇脱卤酶突变体的催化活力和立体选择性的同时,精简突变位点的数量并省略特定的改造作业,省时省力且成本低,有助于工业化生产。