本发明涉及食品加工技术领域,尤其是涉及一种防龋齿棒棒糖及其制备方法。防龋齿棒棒糖,其特征在于,包括以下重量份数的组分:异麦芽酮糖醇80~95份、木糖醇0.1~10份、冻干果粉1~15份、L‑苹果酸0.5~3份和副干酪乳杆菌0.06~2份;所述副干酪乳杆菌的菌种保藏号为CCTCC M 206133。本发明将异麦芽酮糖醇和木糖醇作为棒棒糖的基料,提供甜味的来源,并且与上述副干酪乳杆菌作为预防龋齿功能原料,不容易被口腔细菌利用产生腐蚀性酸,预防牙齿被酸蛀蚀,保护牙齿健康。本发明的防龋齿棒棒糖口感适宜、硬度高、稳定性好、儿童食用依从性高。