本发明公开了一种黄姑鱼性染色体特异分子标记、检测引物、试剂盒及其用途。所述分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO:1所示序列,其存在于黄姑鱼的X染色体上,但在Y染色体上缺失。遗传性别为XX型的雌性黄姑鱼具有SEQ ID NO:1所示核苷酸序列,而遗传性别为XY型的雄性黄姑鱼中只X染色体上有SEQ ID NO:1所示核苷酸序列,Y染色体上缺失该SEQ ID NO:1所示核苷酸序列。鉴于黄姑鱼呈XX/XY型性别决定系统,本发明的分子标记可以简便、快速、准确、稳定地鉴别出黄姑鱼各个群体中胚胎、幼体及成鱼的遗传性别,为实现黄姑鱼的单性育种、养殖及相关遗传学基础研究奠定了基础。在黄姑鱼性别控制育种和规模化生产上具有重要的应用价值。