本发明实施例涉及分子育种领域,具体涉及重组核苷酸片段RecS5‑1和RecS5‑2及其检测引物与应用。本发明实施例提供的重组核苷酸片段,其选自:包含SEQ ID NO.1所示序列38‑573位核苷酸的序列,或其互补序列;包含SEQ ID NO.1所示序列,或其互补序列;包含SEQ ID NO.2所示序列255‑282位核苷酸的序列,或其互补序列;包含SEQ ID NO.2所示序列,或其互补序列;以及以上片段的组合。所述重组核苷酸片段可以作为主效基因的特异识别标记,运用于分子标记选择育种;并可作为特异分子识别标记,用于鉴定广亲和水稻材料。