本发明公开了一种壳聚糖酶及其制备方法和应用。本发明提供的蛋白质,是如下a)或b)或c)或d)的蛋白质:a)氨基酸序列是SEQ ID No.2的蛋白质;b)氨基酸序列是SEQ ID No.4的蛋白质;c)将SEQ ID No.2所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加得到的具有壳聚糖酶活性的蛋白质;d)将SEQ ID No.4所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加得到的具有壳聚糖酶活性的蛋白质。实验证明,本发明所提供的壳聚糖酶具有较强的实用性,可用来生产壳寡糖,且本发明所提供的壳聚糖酶的生产方法工艺简单,发酵周期短,适于工业化生产壳聚糖酶。