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[发明专利]基于转录组的PD-1疗法治疗效果预测系统-CN202010481124.1有效
发明人： 吴飞珍;邓超;蔡加彬;柴小强 -专利权人：复旦大学
申请日： 2020-05-31 - 公布日： 2022-11-15 - 主分类号： G16B35/20 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于转录组的PD‑1疗法治疗效果预测系统，包括：预测模型构建装置，用于对样本数据进行转录组特征提取，获取基因集合数据，构建并训练神经网络模型，以每个样本对应的基因集合数据作为模型输入，治疗效果为模型输出；预测应用装置，基于所述神经网络模型对经所述转录组特征提取后的待测样本进行处理，输出并显示治疗效果预测结果。与现有技术相比，本发明具有预测准确率高等优点。
基于转录 pd 疗法治疗效果预测系统

[发明专利]一种全基因组DNA甲基化的导向测序技术-CN201310572289.X有效
发明人：于文强;李岩;吴飞珍 -专利权人：复旦大学
申请日： 2013-11-15 - 公布日： 2014-02-05 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种全基因组DNA甲基化的导向测序技术。本发明提供了一种新的核酸甲基化的测定方法。具体地说提供了一种核酸甲基化检测的“定位”理念，即测序时部分序列用来定位，另一部分序列用于甲基化的检测，从而彻底解决了全基因组甲基化检测及生物信息学分析时遇到的定位问题。
一种基因组 dna 甲基化导向技术

[发明专利]全基因组范围内基因组DNA修饰定量测序方法-CN201110304425.8无效
发明人：石雨江;施扬;谭理;熊莉君;吴飞珍 -专利权人：复旦大学
申请日： 2011-10-10 - 公布日： 2012-01-25 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明属于第二代基因测序技术领域，具体为一种全基因组范围内基因组DNA修饰(如5-羟甲基胞嘧啶即5hmC，5-甲基化胞嘧啶即5mC，5-羧基胞嘧啶即5caC、5-甲酰胞嘧啶即5fC等)定量测序方法。本发明是采用标签法，对多个待测样品分别加上特异性的序列标签（即Barcode），然后将这些样品混合在一起进行相应修饰的DNA片段免疫沉淀，从而实现全基因组范围内基因组DNA修饰的定量测序。具体步骤包括：基因组DNA的抽提、Barcode样品制备、相应修饰的DNA片段免疫沉淀实验及特异性产物PCR扩增、illuminaGA‖平台测序。本发明可以在全基因组范围内同时对多个样本中的相应修饰的DNA进行定量比较，精确定位不同区域、不同修饰的DNA的含量差别。
基因组范围内 dna 修饰定量方法

[发明专利]一种基因注释语义相似度的计算方法-CN200810040050.7无效
发明人： 吴飞珍;马文丽;王妹;陈启龙;郑文岭;姚文娟;施国明 -专利权人：上海大学
申请日： 2008-07-01 - 公布日： 2009-02-04 - 主分类号： G06F19/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种基因注释语义相似度的计算方法。这种方法通过基因本体协会提供的基因本体关联文件，将基因与基因本体结点建立关联。然后先计算基因本体结点的语义相似度，最后根据基因本体结点语义相似度计算基因注释语义相似度。本发明的有益效果在于：可以自动地、大批量地计算基因注释语义相似度。
一种基因注释语义相似计算方法