本发明提供了一种鉴定玉米种质叶酸基因型的CAPS标记及其应用,属于分子辅助育种技术领域,扩增所述CAPS标记的引物包括正向引物和反向引物;所述正向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,所述反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。本发明利用所述正向引物和反向引物对玉米基因组进行扩增,获得的产物酶切后,根据酶切产物的电泳条带,判定待测玉米种质叶酸基因型。本发明提供的分子标记能够快速、有效的鉴定出玉米种质叶酸基因型,并且成本低,能够辅助育种,提高玉米育种过程中选择高叶酸基因型的效率,可以加快玉米的育种进程。