本发明提供一种日本日月贝(Amusium japonicum)遗传性别相关的DNA分子标记及鉴定方法。本发明提供的用于鉴定日本日月贝遗传性别的分子标记为一个雌性特异标记和一个雌雄共有分子标记,雌性特异标记的核苷酸序列为SEQ ID NO:1,雌雄共有分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO:4。根据其设计PCR引物,采用PCR引物扩增此分子标记,根据电泳结果鉴定日本日月贝的性别,雌雄均扩增出639bp条带,说明PCR成功,出现长度为200bp特异性条带的为雌性个体,否则为雄性个体。该方法鉴定准确率高,稳定性强,简单快速,对贝类主体无损伤,适用于日本日月贝发育不同阶段的性别鉴定,为日本日月贝开展遗传育种工作奠定了基础。