本发明公开了一种提高番茄植物耐低温能力的基因及应用,涉及基因工程及分子生物学领域,所述基因为番茄SlFHY3基因,所述番茄SlFHY3基因具有SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列。该应用为通过基因过表达技术使得所述番茄SlFHY3基因的表达水平上升,所述番茄SlFHY3基因的核苷酸序列:SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列。本发明提供的SlFHY3基因的这一应用,为培育耐低温番茄新品种提供了新的种质资源,具有较好的潜在应用价值,同时为研究番茄植物低温应答响应分子机制和提高植物抗逆性研究奠定了一定的理论基础。