本发明公开了一种鉴别发酵生产辅酶A过程中的菌种种属的试剂盒、方法和引物对。所述的试剂盒包括PCR反应体系,所述PCR反应体系至少包括一种引物对,所述的引物对针对停滞棒杆菌的16srDNA设计;所述引物对的正向引物的核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.1所示,反向引物的核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.2所示。利用本发明的试剂盒通过PCR扩增反应及电泳检测、分析等一系列步骤准确地鉴别直接发酵生产辅酶A中菌种的种属来源,特别能够直接区分出是否为停滞棒杆菌,检测发酵中间体的菌种鉴定PCR方法,具有操作简便、成本低、准确性高以及重复性好等优点,极其便于推广应用。