本发明提出一种核苷酸序列的应用，属于作物育种技术领域，能够解决现有的番茄单性结实系的培育方法存在高、低温等逆境条件下坐果率不理想等的技术问题。该技术方案包括：一组核苷酸序列在培育番茄自主异花授粉自主单性结实系中的应用，核苷酸序列包括：如SEQ ID NO.6、SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列或如SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.8所示的核苷酸序列；其中，番茄自主异花授粉自主单性结实系通过以下方法培育得到，具体包括：从番茄基因组上选取多个靶位点，并构建用于敲除靶位点的载体；将构建所得的载体导入番茄外植体进行组织培养获得转化苗，并从中筛选出阳性株系，经鉴定后得到番茄自主异花授粉自主单性结实系。
