本发明属于基因表达技术领域,公开了一种穿心莲二萜合酶ApKSL4基因及其编码的蛋白与应用,穿心莲ApKSL4基因的核苷酸序列为SEQ ID NO:1,穿心莲ApKSL4基因的核苷酸序列长度为2409bp,其中起始密码子为ATG,终止密码子为TGA。本发明的穿心莲ApKSL4基因可以控制穿心莲活性二萜的生物合成,穿心莲ApKSL4基因编码的蛋白可以应用于合成穿心莲活性二萜,为穿心莲活性二萜的规模化生产提供高产、稳定的植物材料。本发明从穿心莲中分离、筛选出参与活性二萜生物合成的ApKSL4基因,通过生物信息学对ApKSL4基因全长序列进行了克隆,并进行基于大肠杆菌体系生物学功能分析,为今后通过生物技术提高穿心莲中活性二萜产量提供基础和保障。