本发明涉及一种经遗传修饰用于产生依克多因的微生物,其中所述微生物包括以下修饰:如下异源基因的表达:编码与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少90%相似性的二氨基丁酸乙酰基转移酶的异源基因ectA,编码与SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:10具有至少90%相似性的二氨基丁酸氨基转移酶的异源基因ectB,编码与SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14或SEQ ID NO:15具有至少90%相似性的依克多因合酶的异源基因ectC;以及pykA和pykF基因的缺失。本发明还涉及一种使用所述微生物产生依克多因的方法。