本发明公开了一种同时鉴定棉花细胞质雄性不育恢复基因Rf1、Rf2的InDel标记。该InDel标记,不仅与哈克尼西棉细胞质雄性不育恢复基因Rf1连锁而且与三裂棉细胞质雄性不育恢复基因Rf2连锁,该核苷酸序列的插入/缺失长度多态性呈现在琼脂糖凝胶电泳图上可鉴定棉花单株是否含有恢复基因且能判定含有恢复基因的类型,该InDel标记由SEQ ID NO.1‑2所示的引物扩增得到。该InDel标记对不同恢复基因(Rf1/Rf2)的棉花新恢复系材料的选育和保证三系杂交种种子纯度方面具有重要作用。本InDel标记可以鉴定棉花的两套细胞质雄性不育的不同的恢复基因类型,其适用范围更广,实用性更好。
本发明提供了一种三裂棉细胞质雄性不育恢复基因的分子鉴定方法,其InDel分子标记为36bp的核苷酸序列缺失,InDel分子标记引物如SEQ ID NO.2‑3所示。采用InDel分子标记引物进行PCR扩增,如果片段长度为275bp的条带,则为不含三裂棉细胞质雄性不育恢复基因的材料;如果片段长度为239bp的条带,则为三裂棉细胞质雄性不育恢复基因位点纯合的恢复系材料;如果PCR产物电泳结果同时出现两条,片段长度为275bp和239bp的两条带,则为恢复基因杂合位点的材料。本发明可以加快恢复系选育和改良进程,缩短选育周期,同时保证恢复系种子和三系杂交种子的纯度,显著减少田间材料性状调查的工作量。
本发明公开了一种同时鉴定哈克尼西棉与三裂棉不育胞质的SSR标记。该SSR标记的引物如SEQ ID NO.1‑2所示,它不仅与哈克尼西棉细胞质雄性不育基因连锁,而且与三裂棉细胞质雄性不育基因连锁,该核苷酸的简单重复序列多态性呈现在聚丙烯酰胺电泳图上根据扩增条带可鉴定棉花单株是否含有不育基因且能判定含有不育基因的类型(CMS‑D2/CMS‑D8)。本发明利用同一SSR标记不仅可以鉴定棉花三系材料的不育系与保持系,且能够同时区分棉花的两套细胞质雄性不育基因,还可以鉴定不同三系配套的杂交种,在不同不育基因的棉花新材料的选育及保证三系杂交种种子纯度方面起到重要作用。
本发明公开了一种与哈克尼西棉雄性不育恢复基因连锁的InDel分子标记及应用。该分子标记为5’‑TAGAAGACTGGA‑3’,它位于恢复系基因Gh_D05G3392的启动子区域距起始密码子1247bp的位置,其InDel分子标记引物如SEQ ID NO.1‑2所示。采用该InDel分子标记引物即可通过简单的PCR、聚丙烯酰胺凝胶电泳等操作有效鉴定材料中恢复基因的存在与否及是否纯合,从而加快了田间棉花细胞质雄性不育新恢复系材料的选育,并保证了棉花恢复系的种子纯度。