[发明专利]基于虚拟筛选的Imatinib在作为AIBP抑制剂方面的应用

说明书

本发明提供基于分子对接与分子动力学模拟筛选的Imatinib作为AIBP抑制剂的应用，模拟筛选的Imatinib用于抑制AIBP与apoA‑Ⅰ的相互作用，从而抑制胆固醇从细胞中流出。本发明还提供基于分子对接与分子动力学模拟筛选的Imatinib作为AIBP抑制剂的模拟筛选方法，包括以下步骤：通过同源模拟得到AIBP蛋白结构、ZINC数据库中下载对接用小分子结构数据集、分子对接过程、分子动力学模拟；本发明通过同源模拟获得AIBP的结构，基于老药新用的思路将FDA已认证药物通过分子对接与分子动力学模拟进行虚拟筛选，发现Imatinib可以稳定的结合在AIBP与apoA‑Ⅰ的结合界面。或可抑制胆固醇从细胞中流出，挖掘Imatinib的新用途。

技术领域

本发明属于医疗研究技术领域，具体涉及基于分子对接与分子动力学模拟筛选的Imatinib作为AIBP抑制剂的应用及其筛选方法。

背景技术

载脂蛋白A-1结合蛋白(apoA-1bindingprotein，AIBP)是一种能与apoA-1结合的分泌蛋白。近年来，大量研究发现，AIBP与心血管疾病发生发展相关。研究证实，缺血性心脏病患者心肌组织中AIBP高表达；AIBP能抑制家族性混合性高血脂症等脂质代谢紊乱疾病的发生发展；深静脉血栓患者血小板内AIBP含量增加，抑制血栓形成；AIBP还可以调节人脐静脉内皮细胞和斑马鱼胚胎胆固醇水平，抑制血管内皮生长因子诱导的血管新生，提示AIBP可能是心血管疾病防治的一个新靶点。

AIBP结合apoA-1发挥其生物功能的具体结构和氨基酸位点尚未阐明。生物信息学研究显示，AIBP蛋白的55-58号氨基酸(VVK)、226-232号氨基酸(EKGN--AGG)、247-251号氨基酸(SATQF)、273-277号氨基酸(LNLPP)可能是其与apoA-1结合的位点，且位于AIBP独特的Yje_N结构域内，提示AIBP蛋白5-58号氨基酸、226-232号氨基酸、247-251号氨基酸、273-277号氨基酸可能是与apoA-1结合，发挥相应生物学效应的重要位点。

虚拟筛选是创新药物研究的新方法和新技术，引起了研究机构和制药公司的高度重视，并且已经成为一种与高通量筛选互补的实用化工具，加入到了创新药物研究的工作流程(pipeline)中。同时，老药新用的一个重要优势是老药的安全性已经过临床考验，潜在的并发症和脱靶效应明确；基于老药新用的虚拟筛选可以进一步加快靶向药物的临床应用。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供基于分子对接与分子动力学模拟筛选的Imatinib作为AIBP抑制剂的应用及其筛选方法，以解决背景技术中所提出的问题。

本发明的实施例提供基于分子对接与分子动力学模拟筛选的Imatinib作为AIBP抑制剂的应用。

进一步的，模拟筛选的Imatini抑制AIBP与apoA-Ⅰ的相互作用。

进一步的，模拟筛选的Imatinib结合于AIBP独特的Yje_N结构域，抑制AIBP与apoA-Ⅰ的相互作用，进而抑制胆固醇从细胞内流出。

本发明的实施例还提供一种基于分子对接与分子动力学模拟筛选的Imatinib作为AIBP抑制剂的方法，其特征在于，包括如下过程：

(1)通过同源模拟得到AIBP蛋白结构：

通过在线数据库uniprot获得人源AIBP序列，将序列导入在线同源模拟工具SWISSMODEL进行同源模拟获得AIBP结构；

(2)ZINC数据库中下载对接用小分子结构数据集：DrugBank-approved，pH 6～8；

(3)分子对接过程：

(3-1)结合PDB结构中的序列信息及文献报道的AIBP与apoA-I的结合位点，确定用于分子对接的位点是VVKEKGNAGGSATQFLNLPP；