[发明专利]一种与玉米光周期敏感性主效QTL连锁的分子标记及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及一种分子标记，具体的说是一种与玉米光周期敏感性主效QTL连锁的分子标记及其应用。

背景技术

热带玉米具有广泛的遗传基础，在植株性状、果穗性状、抗逆等方面存在丰富的遗传多样性，且与温带种质的交流很少，是温带地区玉米育种不可多得的异源种质。热带玉米种质的利用无疑将为温带地区的玉米育种注入新的活力。然而，热带玉米具有很强的光周期敏感性，严重限制了热带玉米在温带地区利用。

光周期现象是自然界普遍存在的现象，光周期影响高等植物开花的分子机制是目前发育生物学研究的热点和难点。迄今为止，玉米光周期敏感性的遗传特点及分子机制研究方面已取得了一些进展，但与拟南芥和水稻相比仍然存在的很大的差距，特别对光周期敏感性的分子机理研究方面知之甚少。现代生物技术的发展使人们克隆了一些玉米开花时间基因：VGT1、Dwarf8、ZFL1、ZFL2、EMF-Like、CK2a、ZmLD、PhyA、PhyB、CO-like等，并初步研究它们的功能，这将为解释玉米光周期敏感性的分子机制提供重要的参考。然而，光周期反应是由参与花启动的发育控制,生物钟调控及光受体信号转导的基因间相互作用完成的，表现数量性状的遗传特点，这就使得光周期敏感性的分子遗传解析十分困难。

随着 DNA 分子标记技术的发展，借助高密度的分子连锁图谱，使数量性状基因定位工作发展很快。近年来，国内外学者利用RFLP、AFLP、SSR 等分子标记技术,对控制玉米开花时间Q TL 定位做了大量研究，定位了一些主效QTL（Salvi et al. 2002；Koester et al. 1993； Vladutu et al. 1999； Chardon et al. ,2005）。本课题组在国内较早的开展了热带玉米光周期敏感性基因定位的研究，分别以由光周期钝感的温带自交系黄早4和对光周期敏感的热带自交系CML288为亲本配置的温热组合黄早4×CML288衍生的F2及F2：3家系、F6：7代家系、重组自交系和永久F2群体为材料，对光周期敏感性及相关性状进行了定位，结果表明，控制玉米光周期敏感性的位点与长日照环境下光周期敏感相关性状的QTL都集中在第1，4，6，8，9和第10染色体上，其中第10染色体的10.04区域效应最大且最稳定；控制短日照环境下光周期敏感相关性状的QTL集中在第3，7和第9染色体上，其中第3染色体的3.05区域效应最稳定。推断推测CCA1基因可能是10.04区间光周期敏感性主效QTL的候选基因（Wang et al.,2008）。母贵琴（2007）以自交系郑58(光周期不敏感型)和自交系Ya8701(光周期敏感型)为亲本配制的组合衍生的F2和F2:3为材料，开展了玉米光周期敏感相关性状的QTL定位研究，检测到的QTL在染色体上分布不均匀，有成簇分布的特点，尤其是10染色体( bin10.04 )上分布密集，部分位点同时作用于各个性状，推测检测到的QTL可能与osSOCI , osCCAI/LHY, osPHYC, osZTL等生物钟组成基因相关。

不同的研究者利用不同的材料、不同的世代群体、在不同的环境中均在10.04区域检测到了光周期敏感性及相关性状的主效QTL（Moutiq et al.，2002；母贵琴，2007；Wang et al.,2008），这些相同的结果印证了这一区域可能包含重要的光周期反应因子，决定长日照环境下的茎尖分生组织从营养生长向生殖生长的转化，进而影响开花时间、株高和叶片数等相关性状。

因此对热带玉米光周期敏感性基因进行精细定位，研究其遗传机制和分子机理，开发与光周期敏感性QTL紧密连锁的分子标记，不但有利于我国玉米种质的扩增与创新，有利于提高玉米品种对不同地理纬度和播种季节的适应性，而且可以为分子标记辅助选择及图位克隆光周期敏感性基因奠定基础。

发明内容

本发明目的是为解决上述技术问题的不足，提供一种与玉米光周期敏感性主效QTL连锁的分子标记，对玉米光周期敏感性主效QTL进行精细定位，把目标基因限定在一个较小的范围，筛选到与玉米光周期敏感性主效QTL紧密连锁费分子标记，用于对热带玉米光周期敏感性的筛选鉴定和分子标记辅助选择育种，从而提高热带玉米种质的利用效率。

本发明的目的是提供两个与玉米光周期敏感性主效基因紧密连锁的SSR分子标记SSR119和分子标记SSR1336，该分子标记的核苷酸序列分别为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2；

本发明提供了扩增与玉米光周期敏感性主效基因紧密连锁的分子标记SSR119和SSR1336的引物对；

分子标记SSR119的引物序列为：