[发明专利]巨细胞病毒(CMV)的基因变体

说明书

本发明涉及CMV基因变体，所述基因变体缺失CMV的IE区域的内含子2(CMV IEΔi2)。本发明也涉及这种基因变体以及从其转录的RNA剪接变体和从所述RNA剪接变体表达的蛋白的多种应用，例如用于诊断CMV相关癌症疾病，和鉴定个体患癌的风险或随着人样品转移CMV IEΔi2病毒的风险，并且就免疫治疗和疫苗接种而言通过靶向独特CMV IE蛋白进行预防和治疗。

技术领域

本发明涉及新的巨细胞病毒(CMV)基因变体，例如显示在癌症疾病患者中出现的基因变体。因此，本发明涉及癌症诊断方法的领域，更特定涉及出现巨细胞病毒(CMV) 感染的癌症形式。本发明特别关注诊断成胶质细胞瘤、髓母细胞瘤、神经母细胞瘤、结肠癌、乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌、宫颈癌、肉瘤、肾癌、皮肤癌和胰腺癌，并且也适用于其他癌症形式。

发明背景

巨细胞病毒(CMV)是感染世界上大部分人口的常见病毒；60-100%的成年群体经历过这种感染，并且是所述病毒的载体。在初次感染后，CMV形成潜伏状态并有持久性，并且大部分感染是亚临床的。在健康载体中，优先发现所述病毒是骨髓谱系细胞中的潜伏病毒，并且病毒的重新活化依赖于细胞分化为成熟巨噬细胞或树突细胞，所述分化通常由炎症造成。直到20世纪70年代，仅认为严重的先天性感染病例代表所述病毒引起的人类疾病。随着社会中免疫抑制个体（例如AIDS患者和移植患者）的增加，CMV的重新活化成为在这些患者中造成高发病率和死亡率的主要临床问题。因此，在过去的几十年中，CMV的重要性和感兴趣程度增加，因为CMV疾病在这组患者中常见，并且可能危及生命。所述病毒通过炎症重新活化，并且越来越多的证据表明了所述病毒频繁地出现在炎症疾病患者的组织样品中。近来，越来越多的证据也提示了不同来源的癌症中存在活性CMV感染。我们定义了癌症中新的CMV基因变体，并且显示了新的患癌机理。

CMV感染和癌症

近期报导揭示了在某些恶性肿瘤中频繁出现CMV的基因组和蛋白，所述恶性肿瘤例如结肠癌、恶性胶质瘤(1-7)、髓母细胞瘤(8)、EBV阴性霍奇金淋巴瘤、宫颈癌、前列腺癌和乳腺癌(综述参见(9,10))。我们证明了在99%恶性成胶质细胞瘤、 >90%髓母细胞瘤(MB)和神经母细胞瘤(NB)、恶性黑素瘤、结肠癌、乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌、皮肤癌、卵巢癌和宫颈癌中存在活性CMV感染(1,8)。重要地是，所述病毒感染在从相同患者获得的非癌症组织样品中和健康对照个体中保持潜伏(1,3)。

CMV和癌症调节（oncomodulation）:

在20世纪70年代，Fred Rapp小组已经报导了在前列腺癌中频繁出现CMV，并且从动物模型致癌肿瘤中分离出病毒株(11,12)。在数个稍后的研究中，CMV不能转化正常人体细胞，所以并不认为这种病毒是致癌的。相反，提出了术语癌症调节来描述CMV对由数种特定影响宿主细胞功能的病毒蛋白所介导肿瘤发生的间接影响(综述参见(13,14))。进化中，CMV发展出了影响很多不同细胞和免疫功能的复杂机理(15,16)。所述病毒在感染细胞中生成约170种蛋白，其中大约仅有50种对病毒生成是必需的(17)。因此，绝大部分病毒蛋白用于控制帮助病毒与其宿主共同生存的重要宿主功能。这些蛋白可以通过控制宿主功能对癌症发展起作用，并且通过调节免疫反应，受病毒感染的肿瘤细胞会受到保护避免被免疫系统发现(15)。可能涉及癌症发病的CMV机理称为癌症调节（oncomodulatory）机理(10,13)。