[发明专利]与鲤鱼免疫相关的遗传标记

说明书

技术领域

本发明涉及鲤鱼的遗传标记。

背景技术

鲤鱼是世界范围内重要的养殖鱼类，然而随着对水产品需求的增加，集约化养殖已成为鲤鱼重要的养殖方式，而这种集约化养殖带来了鲤鱼多种疾病的爆发，如疱疹病毒(KHV)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)。以疱疹病毒为例，该病毒感染后的鲤鱼，其死亡率高达80％～100％。疱疹病毒导致1997～1998年以色列和欧洲锦鲤和鲤鱼出现了大批量死亡事件。目前因疱疹病毒而引发的大规模死亡事件几乎遍布所有的鲤鱼主养区，除欧洲和以色列外，在世界多个鲤鱼养殖区均爆发过大规模的死亡事件，目前，药物治疗效果甚微，严重影响了鲤鱼产业的健康、稳定和可持续发展。而且，药物极易对生态环境造成污染，因而从长远看，采用遗传学方法从遗传本质上提高鲤鱼对病原的抗病，开展抗病育种具有治本的功效。

SNP标记，即单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism)标记，具有以下优点：

(1)遗传稳定，突变率低，受选择影响小。SNP的突变概率非常低，仅为1×10^-9～5×10^-9，远低于微卫星的10^-4～10^-6。此外，SNP在单个基因或整个基因组中的分布是不均匀的，在非转录序列中要多于转录序列，而且即使在转录区也是非同义突变的频率较大。因此无论在自然选择还是人工选择的过程中，SNP标记都能够很稳定的遗传，不受选择压的影响。

(2)准确性高，方便自动化、高通量检测。SNP通常只是二等位基因或二态(biallelic)的遗传变异，即在该位置上存在两种不同的碱基，因此判型非常简单，二进制的形式可以通过计算机实现自动化，大大减少了人为错误的发生，提高判型准确性，节约劳动力和成本。据报道在目前大规模SNP检测的研究中，SNP的判型错误率为0.0001～0.005，并且SNP判型和数据处理技术与软件发展快速，方便了实验室互相交流和重复实验。

(3)DNA样品量要求低。SNP是单碱基突变，在PCR过程中一般只需要扩增100bp左右片段长度，因此对DNA样品量以及样品的质量要求进一步降低，例如，使用时间飞行质谱(MALDI-TOF)的方法对SNP标记进行分型使用的DNA样品量只需达到2.5～5ng即可。

因此，提供与鲤鱼免疫相关的SNP遗传标记将对鲤鱼的抗病性提高及生物学检测具有重大意义。

发明内容

本发明提供与鲤鱼免疫相关的SNP遗传标记为鲤鱼抗病选育提供充足的标记。

本发明与鲤鱼免疫相关的遗传标记1位于鲤鱼ctssb.1基因上，DNA序列如SEQ ID NO：1所示，其中有25个SNP位点，分别位于该序列的第32、44、329、605、617、722、899、917、947、38、99、119、153、310、507、1235、92、116、317、788、1067、1107、1366、395和584位碱基。

与鲤鱼免疫相关的遗传标记2位于鲤鱼gsk3b基因上，DNA序列如SEQ ID NO：2所示，其中有33个SNP位点，分别位于该序列的第24、50、95、148、223、321、372、416、529、577、675、687、711、794、806、868、47、187、214、291、377、514、615、690、339、398、499、661、803、624、789、666和834位碱基。

与鲤鱼免疫相关的遗传标记3位于鲤鱼arpc3基因上，DNA序列如SEQ ID NO：3所示，其中有10个SNP位点，分别位于该序列的第14、57、602、16、113、149、531、605、669和25位碱基。

与鲤鱼免疫相关的遗传标记4位于鲤鱼cfl2基因上，DNA序列如SEQ ID NO：4所示，其中有15个SNP位点，分别位于该序列的第68、125、191、254、272、367、71、83、104、141、149、358、170、187和200位碱基。