本发明提供了一种互换HA和NS1缺失基因包装信号的H9N2亚型禽流感病毒及其构建方法和应用，属于疫苗技术领域。一种互换HA和NS1缺失基因包装信号的H9N2亚型禽流感病毒，包括重组NS‑HAmut‑NS和HA‑NS1‑128mut‑HA基因。所述重组NS‑HAmut‑NS和HA‑NS1‑128mut‑HA基因的核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。利用本发明所述基因构建得到的重组H9N2亚型禽流感病毒能有效避免HA和NS片段与野生毒株发生重配，且具有减毒特性和良好的攻毒保护效力。
所述重组毒株由高致病性H5N6亚型禽流感流行毒株改造后的HA基因与H5N2亚型禽流感D7株的七个内部基因PB2、PB1、PA、NP、NA、M和NS构成；所述改造后的HA基因序列如SEQ ID NO：9所示；所述D7株的七个内部基因PB2、PB1、PA、NP、NA、M和NS的核苷酸序列依次如SEQ ID NO：1～3、5～8所示。所述重组病毒是以D7系统为骨架拯救出的重组禽流感病毒，为无致病力毒株，且能保持原来的免疫原性，可在鸡胚培养过程中保持较高的病毒滴度，完全满足生物安全性要求，具有较大的应用前景。
