本发明属于分子生物技术领域,公开了一种与海雀稗耐黑痣病性状相关的SNP分子标记及其应用,所述SNP分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示,其中,SEQ ID NO.1所示序列的第401bp本发明通过172份海雀稗种质的重测序数据,结合12个月海雀稗田间黑痣病发病情况作为质量性状进行全基因组关联分析,定位筛选出与耐黑痣病相关的分子标记,该分子标记对海雀稗耐黑痣病的调控起着关键作用,可用作图位克隆和分子标记辅助选择,快速预测或鉴定其黑痣病的抗性,可有效筛选得到强耐黑痣病的海雀稗品种,加速海雀稗育种进程。