本发明提供了新型冠状病毒抗原表位及其应用。利用超级计算机模拟新型冠状病毒S、E、M、N蛋白结构,计算获得新型冠状病毒抗原表位SEQ ID NO:1~38。这些表位具有很好的免疫原性;部分表位多肽诱导产生的抗体具有中和新型冠状病毒的作用;抗原表位能够与国内外新型冠状病毒病人血清中的抗体结合,具有抗多种新型冠状病毒毒株的潜力,同时也具有对不同毒株进行鉴别应用的潜力本发明所提供的抗原表位可用于:①新型冠状病毒疫苗及MERS病毒、SARS病毒等冠状病毒通用疫苗的研发;②新型冠状病毒抗体制备,并进一步用于病毒检测、分型及病毒所致疾病的治疗。本发明在预防冠状病毒及其传播和爆发以及病毒毒株检测诊断方面具有广阔的应用前景。