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[发明专利]预测蛋白质间相互作用的方法-CN01806363.2无效
发明人：土居洋文;铃木敦 -专利权人：第一制药株式会社;富士通株式会社
申请日： 2001-03-09 - 公布日： 2003-05-07 - 主分类号： G06F17/30 文献下载
摘要：蛋白质间相互作用的预测方法，其特征是(1)将蛋白质A的氨基酸序列分解成某种长度的寡肽，(2)在蛋白质数据库中检索具有上述寡肽的蛋白质C，或者检索具有与上述寡肽相同的寡肽的蛋白质D，(3)对上述A与检索出的C或D进行局部排列，(4)根据局部排列的结果及蛋白质数据库中氨基酸频率或寡肽的频率计算出的数值为指标，将检索出的C或D预测为与蛋白质A相互作用的蛋白质B；搭载该预测程序的记录介质；搭载该记录介质的预测装置和由他们得到的蛋白质
预测蛋白质相互作用方法

[发明专利]预测蛋白质间相互作用的方法-CN200410061522.9无效
发明人：土居洋文;铃木敦 -专利权人：第一制药株式会社;富士通株式会社
申请日： 2001-03-09 - 公布日： 2005-08-31 - 主分类号： C07K7/06 文献下载
摘要：蛋白质间相互作用的预测方法，其特征是(1)将蛋白质A的氨基酸序列分解成某种长度的寡肽，(2)在蛋白质数据库中检索具有上述寡肽的蛋白质C，或者检索具有与上述寡肽相同的寡肽的蛋白质D，(3)对上述A与栓索出的C或D进行局部排列，(4)根据局部排列的结果及蛋白质数据库中氨基酸频率或寡肽的频率计算出的数值为指标，将检索出的C或D预测为与蛋白质A相互作用的蛋白质B；搭载该预测程序的记录介质；搭载该记录介质的预测装置和由他们得到的蛋白质
预测蛋白质相互作用方法

[发明专利]一种蛋白质互作网络构建的方法-CN201510760997.5在审
发明人：朱平;张葵;郑艳 -专利权人：中国人民解放军第四军医大学
申请日： 2015-11-10 - 公布日： 2016-03-09 - 主分类号： G06F19/28 文献下载
摘要：本发明公开了一种蛋白质互作网络构建的方法，包括以下步骤：获取感兴趣的蛋白质集合；构建目标蛋白质的一级互作蛋白质数据库，并以此绘制目标蛋白质的一级蛋白质互作网络；构建目标蛋白质的二级互作蛋白质数据库，联合目标蛋白质的一级蛋白质互作网络，绘制目标蛋白质的互作蛋白质数据库。与现有技术相比，本发明构建蛋白质互作网络使用的候选数据库全面广泛，对已有数据库的整合使用和拓展应用思路新颖。该蛋白质互作数据库可以全面广泛地存储现有蛋白质互作关系，来源可靠并便于查询。对未知蛋白质功能的试验验证提供可靠的依据。
一种蛋白质网络构建方法

[发明专利]参考蛋白质数据库的构建方法、存储介质、电子设备-CN202110662956.8在审
发明人：戚良 -专利权人：上海君谊生物科技有限公司
申请日： 2021-06-15 - 公布日： 2021-09-14 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本发明属于生物技术领域，特别涉及一种参考蛋白质数据库的构建方法，包括如步骤：S2、获取公共数据库中的SNP位点信息,对SNP位点进行筛选，得到导致编码氨基酸改变的SNP位点列表；S3、在SNP位点列表中根据样品的蛋白丰度筛选出表达量高的蛋白质的SNP位点；S4、生成筛选后的SNP位点列表对应的可遗传变异肽，将所述可遗传变异肽加入公共蛋白质数据库的参考蛋白质序列，以生成基于样品的参考蛋白质数据库，所述参考蛋白数据库包含所述可遗传变异肽。本发明的参考蛋白质数据库基于样品，从而避免错误去除蛋白质而产生的误差，提高有效数据完整性，也不会导致纳入过多的遗传变异信息造成高度冗余性。
参考蛋白质数据库构建方法存储介质电子设备

[发明专利]一种分析微生物群落功能基因转录和翻译活性的方法-CN202011119177.5有效
发明人：刘思彤;赵云鹏;陈倩 -专利权人：北京大学
申请日： 2020-10-19 - 公布日： 2022-09-16 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种分析微生物群落功能基因转录和翻译活性的方法，其包括：提取微生物群落的总DNA样本、总RNA样本和总蛋白质样本；对提取样本进行宏基因组测序、宏转录组测序、宏蛋白质学分析；利用宏基因组测序结果构建微生物群落功能基因编码蛋白质数据库；基于此蛋白质数据库和宏转录组测序产生的mRNA序列数据组来分析微生物群落功能基因转录活性；基于宏蛋白质学分析结果和此蛋白质数据库来分析微生物群落功能基因翻译活性。本发明构建了统一的微生物群落功能基因组蛋白质数据库，并根据此数据库分析群落功能基因转录与翻译的表达量，直接比较群落功能基因转录和翻译表达水平的差异，进而研究群落功能基因的转录后调控过程。
一种分析微生物群落功能基因转录翻译活性方法

[发明专利]泛素化降解目标蛋白质的数据库-CN201910126004.7在审
发明人：蔡鑫;王力强;胡伟 -专利权人：成都分迪科技有限公司
申请日： 2019-02-20 - 公布日： 2019-06-07 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种泛素化降解目标蛋白质的数据库及其构建方法和应用。该数据库具有现有泛素化降解的目标蛋白质数据信息收录广泛、更新及时、包含结构信息、无需本地安装且访问速度快的特点。同时提供了泛素化降解目标蛋白质数据库的构建方法，以及在科学研究中的应用。
目标蛋白质泛素降解数据库构建结构信息数据信息应用科学研究更新访问

[发明专利]一种蛋白质水解生产活性肽的分析程序-CN200610166424.0无效
发明人：乐国伟;施用晖;陈征松 -专利权人：江南大学
申请日： 2006-12-15 - 公布日： 2007-07-11 - 主分类号： G06F9/44 文献下载
摘要：一种蛋白质水解生产活性肽的分析程序，属于生物活性肽技术领域和计算机领域。本发明利用MS Access软件分别建立蛋白质数据库、活性肽数据库和蛋白酶数据库，利用MS VB软件编写“生物活性肽搜寻与酶解模拟系统”程序，使程序具有调用后台的三个数据库，进行读取、分析蛋白质数据库、活性肽数据库、蛋白酶数据库，实现活性肽搜寻、活性肽功能预测、蛋白质模拟水解等功能。本发明将现代生物信息学技术与计算机技术相结合，使酶法水解蛋白质制备生物活性肽的工作上升至定性、定量的水平。
一种蛋白质水解生产活性分析程序

[发明专利]一种基于家蚕组织样品进行大规模蛋白质组学鉴定的方法-CN201810479866.3有效
发明人：赵萍;赵东超;张艳;董照明;夏庆友 -专利权人：西南大学
申请日： 2018-05-18 - 公布日： 2020-06-05 - 主分类号： G01N27/62 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于家蚕组织样品进行大规模蛋白质组学鉴定的方法，包括家蚕蛋白质组学样品前处理、分级肽段质谱上机检测和构建家蚕蛋白质数据库。通过优化蛋白提取方法，并采用高pH分级方法将肽段分8级，能尽可能多的提取到家蚕脂肪体样品，提升蛋白质鉴定数目；通过优化上样量和色谱梯度时间防止上样量过大造成样品喷针堵塞；通过优化色谱梯度时间缩短检测时间；建立了含有21878条蛋白质序列的Streamline数据库，该种数据库不仅能鉴定到更多的蛋白质数目，并且该数据库去除了冗余序列，有利于后期蛋白质组学数据分析。本发明建立了稳定、高效的家蚕蛋白质组学鉴定平台，对家蚕蛋白质组学大规模鉴定具有重要意义。
一种基于家蚕组织样品进行大规模蛋白质鉴定方法

[发明专利]一种蛋白质结构预测方法及装置-CN202011585063.X有效
发明人：华权高;赵海义;舒芹 -专利权人：武汉金开瑞生物工程有限公司
申请日： 2020-12-28 - 公布日： 2021-03-23 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于多任务时域卷积神经网络的蛋白质结构预测方法及装置，其方法包括：获取目的基因序列，以及蛋白质数据库；根据遗传密码表和蛋白质数据库建立每个蛋白质对应的DNA‑RNA‑氨基酸三元序列数据集；根据蛋白质数据库中的氨基酸的残基深度、物理化学性质建立多元回归方程，得到每个蛋白质的统计深度特征；将所述三元序列数据集进行聚类并映射为多维特征向量；将所述多维特征向量、蛋白质的统计深度特征作为多任务时域卷积神经网络的输入，训练所述多任务时域卷积神经网络；利用蛋白质的统计深度特征预测蛋白质结构。本发明将蛋白质的统计深度特征与多任务时域卷积神经网络结合，减少模型的复杂度，提高了泛化性、拟合度。
一种蛋白质结构预测方法装置

[发明专利]一种基于压缩和聚类的批量蛋白质同源性搜索方法-CN201610309077.6有效
发明人：葛宏伟;余景洪 -专利权人：大连理工大学
申请日： 2016-05-11 - 公布日： 2018-06-08 - 主分类号： G06F19/24 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于压缩和聚类的批量蛋白质同源性搜索方法，属于计算机应用技术与生物技术的交叉领域。该方法充分利用了蛋白质数据库序列和查询序列中存在的序列相似信息，首先对查询序列和蛋白质数据库通过冗余分析和冗余移除过程进行压缩操作；进而对压缩后的蛋白质数据库进行相似子序列聚类，然后在聚类数据库基础上利用映射原理进行查找以发现潜在的结果，并根据找到的潜在结果集建立可执行数据库；最后在可执行数据库上进行同源性搜索，以获得最终的同源性序列。本发明的方法通过在构建的可执行数据库上进行同源性搜索，大大减少了重复序列比对和无间隙扩展的时间。
蛋白质数据库搜索可执行聚类蛋白质同源性数据库查询序列同源性压缩计算机应用技术聚类数据库同源性序列冗余分析压缩操作映射原理重复序列冗余结果集潜在的无间隙子序列比对构建移除生物技术查找发现

[发明专利]蛋白质处理方法、设备、存储介质和计算机程序产品-CN202210567709.4在审
发明人：兰艳艳;宋宇轩 -专利权人：清华大学
申请日： 2022-05-23 - 公布日： 2022-09-23 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明涉及蛋白质处理技术领域，尤其涉及一种蛋白质处理方法、设备、存储介质和计算机程序产品。方法包括：获取待处理蛋白质；根据所述待处理蛋白质，生成所述待处理蛋白质对应的至少一个自生成蛋白质，其中，所述待处理蛋白质与所述自生成蛋白质为同源蛋白；将至少一个所述自生成蛋白质存储至蛋白质数据库，以基于所述蛋白质数据库中的所述待处理蛋白质和/或所述自生成蛋白质，对所述待处理蛋白质进行结构预测。本发明用以解决现有技术中同源蛋白数量少，导致结构蛋白质结构预测结果不准确的缺陷，提高蛋白质结构预测性能。
蛋白质处理方法设备存储介质计算机程序产品

[发明专利]一种用于肉鸡血清蛋白质组的鉴定方法-CN201710025077.8在审
发明人：唐湘方;熊嫣;张宏福;孟庆石;高杰;冯潇慧 -专利权人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
申请日： 2017-01-13 - 公布日： 2017-05-31 - 主分类号： G01N30/88 文献下载
摘要：一种用于肉鸡血清蛋白质组的鉴定方法，包括如下步骤(1)血清样品的采集；(2)SDS‑PAGE电泳；(3)蛋白凝胶胶内酶解；(4)nano‑HPLC‑MS/MS对蛋白质的分析，所得数据通过Protein Pilot软件检索蛋白质数据库进行鉴定。利用本发明的方法可以快速、高通量地寻找到肉鸡血清蛋白表达的数量和种类，为进一步开展肉鸡营养、肉鸡免疫功能的研究提供方法和思路。
一种用于肉鸡血清蛋白质鉴定方法

[发明专利]用于预测蛋白质的至少一个适应度值的方法和电子系统、相关计算机程序产品-CN202210595983.2在审
发明人： N·冯塔因;F·卡德特 -专利权人：皮阿赛勒公司
申请日： 2016-04-14 - 公布日： 2022-08-09 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：将用于预测蛋白质的至少一个适应度值的方法在计算机上执行，并且所述方法包括以下步骤：根据蛋白质数据库将所述蛋白质的氨基酸序列编码(100)成数值序列，所述数值序列包含序列中每个氨基酸的值；根据数值序列计算(110)蛋白质谱；以及对于每个适应度：将计算的蛋白质谱与预定数据库的蛋白质谱值进行比较(130)，所述数据库包含针对所述适应度的不同值的蛋白质谱值，根据比较步骤预测(130)所述适应度的值。
用于预测蛋白质至少一个适应方法电子系统相关计算机程序产品

[发明专利]用于预测蛋白质的至少一个适应度值的方法和电子系统-CN201680027558.6有效
发明人： N·冯塔因;F·卡德特 -专利权人：皮阿赛勒公司
申请日： 2016-04-14 - 公布日： 2022-12-09 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：将用于预测蛋白质的至少一个适应度值的方法在计算机上执行，并且所述方法包括以下步骤：根据蛋白质数据库将所述蛋白质的氨基酸序列编码(100)成数值序列，所述数值序列包含序列中每个氨基酸的值；根据数值序列计算(110)蛋白质谱；以及对于每个适应度：将计算的蛋白质谱与预定数据库的蛋白质谱值进行比较(130)，所述数据库包含针对所述适应度的不同值的蛋白质谱值，根据比较步骤预测(130)所述适应度的值。
用于预测蛋白质至少一个适应方法电子系统

[发明专利]一种基于MetaPro-IQ法的宏蛋白质组质谱数据分析方法-CN202010298149.8在审
发明人：秦聪 -专利权人：上海中科新生命生物科技有限公司
申请日： 2020-04-16 - 公布日： 2020-08-04 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本发明的目的是提供一种基于MetaPro‑IQ法的宏蛋白质组质谱数据分析方法，基于MetaPro‑IQ建立了一套快速多次过滤低匹配度蛋白，减小数据库体积，使精简后的数据库可以在常规搜库软件中正常使用的方法，该方法操作简便，具有可以处理超大体积的蛋白质数据库，且处理过程耗时短，无需高级硬件配置，鉴定得到的蛋白质更多的优点。
一种基于 metapro iq 蛋白质组质谱数据分析方法

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