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[发明专利] 蛋白 质 复合物深度多序列 比对方法CN201911290749.3 有效
发明人：
於东军 ;刘子 ;朱一亨
- 专利权人：
南京理工大学
申请日：
2019-12-16
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公布日：
2022-09-20
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主分类号：
G16B30/10 文献下载
摘要： 本发明公开了一种蛋白 质 复合物深度多序列 比对方法，包括：步骤1、蛋白 质 单体多序列 比对搜索，然后基于基因组距离将两个蛋白 质 单体多序列 比对结果进行结合；步骤2、蛋白 质 单体多序列 比对搜索，然后基于物种匹配将蛋白 质 单体多序列 比对结果进行结合；步骤3、蛋白 质 单体多序列 比对搜索，然后基于蛋白 质 相互作用网络关系将蛋白 质 单体多序列 比对结果进行结合。该方法用于解决预测蛋白 质 复合物之间的接触图谱问题中由于不能直接从蛋白 质 复合物序列 信息直接构建蛋白 质 复合物多序列 比对而导致不能大规模预测分析 蛋白 质 复合物的接触图谱的问题，该方法具有预测精度高、泛化能力强的优点蛋白质 复合物 深度 序列 方法
[发明专利] 一种蛋白 质 鉴定方法及系统 -CN201711113675.7 有效
发明人：
尹文波 ;王伶俐 ;仇进 ;康萍
- 专利权人：
复旦大学
申请日：
2017-11-13
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公布日：
2020-11-20
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主分类号：
G01N27/62 文献下载
摘要： 本发明属于生物分析 技术领域，具体为一种蛋白 质 鉴定方法及系统。本发明方法包括：根据蛋白 酶对待测蛋白 质 进行酶切操作，利用蛋白 质 串联质谱技术获得待测蛋白 质 的二级质谱；对蛋白 质 数据库中的蛋白 质 序列 进行虚拟酶切操作，提取符合要求的第一类肽段；利用FPGA加速算法根据第一类肽段生成理论谱；利用FPGA加速模块将待测蛋白 质 的二级质谱与理论谱对比，进行相似性打分；将得分结果最高的理论谱对应的肽段序列 确定为蛋白 质 的肽段序列 ；依次确定蛋白 质 的所有肽段序列 ，得到蛋白 质 序列 。采用本发明所提供的蛋白 质 鉴定方法及系统，实现了在FPGA上加速，整个打分过程加速约为25倍左右，加速效果良好，提高了系统的运行效率。一种 蛋白质 鉴定 方法 系统
[发明专利] 一种基于CRFs的蛋白 质 分子名称分析 与识别方法 -CN201910035592.3 有效
发明人：
杨荣根 ;吴有龙
- 专利权人：
金陵科技学院
申请日：
2019-01-15
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公布日：
2023-04-18
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主分类号：
G06F16/28 文献下载
摘要： 本发明提供一种基于条件随机域模型（Conditional Random Fields,CRFs）的蛋白 质 分子名称分析 与识别方法，医学文本处理技术领域。该方法包括：输入BioNLP‑ST‑2016中一个子任务的json格式的医学文本，对文本文件预处理，提取蛋白 质 分子名称标记序列 并分析 蛋白 质 分子名称的特征，提取单词特征和上下文特征，构造文本特征序列 X和蛋白 质 标记序列 Y的条件随机域，利用梯度下降算法进行训练，通过训练得到各特征函数的系数也就是CRFs的模型参数，识别时采用Viterbi算法，通过计算未知文本序列 条件概率，并根据最大概率对应的标记序列 作为蛋白 质 分子识别结果本发明能有效识别医学文本中的蛋白 质 分子名称，为进一步的挖掘蛋白 质 分子之间的调控关系奠定了基础。一种 基于 crfs 蛋白质 分子 名称 分析 识别 方法
