本发明公开了一种用于分析活性污泥微生物群落结构及动态变化的群落芯片,是在玻片或硅片或尼龙膜等材料上固定检测细菌的DNA探针,所述探针为序列表SEQ ID NO.1-SEQ IDNO.66所述的核苷酸序列,所述探针所针对的OTU及其代表克隆子Genbank登录号、各OTU最近源菌株及其相似性的关系如表1;利用本发明的群落芯片分析活性污泥微生物群落结构及动态变化,具有适时、灵敏、快速、准确、高效且获得菌群变化信息量大等特点本发明可以快速分析活性污泥微生物群落结构,同一张芯片可以同时检测代表不同分类层次(门、纲、目、科、属)的57种OTUs。