本发明公开了一种紫花苜蓿MYB转录因子及编码基因和应用,涉及生物技术领域,该MYB转录因子基因核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示;公开了该基因的植物过表达载体和RNA干扰表达载体;公开了该基因、植物过表达载体和RNA干扰表达载体在紫花苜蓿中类黄酮代谢调控或/和叶片发育中的应用。本发明克隆了一个参与紫花苜蓿类黄酮代谢调控或掌状复叶形成的MsMYB206转录因子基因,研究该基因在紫花苜蓿中的表达模式,比较了野生型、转MsMYB206基因紫花苜蓿总黄酮含量及叶片形态,能够应用于培育出每片叶子有更多小叶的品种,提高栽培苜蓿的叶茎比,从而提高其产量和营养价值。