本发明涉及一种青藏扁蓿豆EST‑SSR遗传标记位点,该EST‑SSR遗传标记位点是指通过青藏扁蓿豆幼苗转录组测序获得转录本,对转录本中SSR位点检测后,根据转录本上SSR位点侧翼序列设计的如序列表中SEQID NO.1~700位所示的引物核苷酸序列。其引物序列在青藏扁蓿豆和扁蓿豆基因组DNA中的扩增产物长度,为相同和接近如序列表中SEQ ID NO.1~700位所示的引物的预期扩增产物碱基序列长度。本发明青藏扁蓿豆EST‑SSR遗传标记位点可应用于青藏扁蓿豆和扁蓿豆种质资源商业性遗传多样性评价方面、青藏扁蓿豆和扁蓿豆商业化品种选育中以及青藏扁蓿豆和扁蓿豆功能基因商业化鉴定开发中。