本发明公开了一种芸薹属异源六倍体的SSR分子标记方法及其引物。芸薹属异源六倍体的SSR分子标记方法包括:取芸薹属异源六倍体亲本进行杂交,对获得的子代进行小孢子培养,获得DH群体;提取芸薹属异源六倍体亲本及DH群体的基因组DNA,以各基因组DNA为模板,利用引物进行PCR扩增;根据PCR扩增结果构建芸薹属异源六倍体的遗传图谱;所述引物包括217对,其碱基序列分别如SEQ ID No.1/2~433/434所示本发明构建了第一个芸薹属异源六倍体的遗传图谱,为进一步进行QTL定位以及分子标记辅助育种提供依据。