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[发明专利]一种检测高血压相关基因及基因功能分析的系统-CN202210193133.X在审
发明人：李宗瑾;吴晓明;王志刚;宋长新;田立勤;燕成英;杨继玉;贾泽宇 -专利权人：青海师范大学
申请日： 2022-02-28 - 公布日： 2022-05-31 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种检测高血压相关基因及基因功能分析的系统。包括：基因预处理单元，用于对高血压基因表达数据进行预处理获得基因表达矩阵；基因样本分析单元，基于基因表达矩阵分析样本分布情况；基因差异分析单元，基于基因表达矩阵筛选发生显著变化的差异基因，获得基因差异矩阵；基因模块分析单元，基于基因表达矩阵通过加权基因共表达网络方法确定基因模块并筛选关键模块；Hub基因分析单元，用于筛选关键基因中的Hub基因；基因功能分析单元，用于对差异表达基因或基因模块进行功能富集分析及通路与基因关系的网络分析本发明可以辅助不熟悉高血压基因相关数据库和分析流程的科研人员准确有效的发现与高血压等复杂疾病相关的基因与通路。
一种检测高血压相关基因功能分析系统

[发明专利]一种基于10X单细胞转录组测序数据的分析方法-CN201910246518.6有效
发明人：夏昊强;周煌凯;高川;张羽;陶勇;罗玥;邢燕;张秋雪 -专利权人：广州基迪奥生物科技有限公司
申请日： 2019-03-28 - 公布日： 2021-10-01 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于10X单细胞转录组测序数据的分析方法，包括步骤：S1，测序数据质控和表达量定量；S2，基于10X单细胞转录组测序数据进行单细胞亚群分类；S3，差异表达基因分析：筛选细胞亚群上调表达的基因，采用Seurat的bimod似然比统计检验，分别对不同类细胞群进行基因差异表达分析；S4，差异基因功能分析：根据S3获得的差异表达基因，进行差异表达基因GO功能分析和/或差异表达基因KEGG功能分析；S5，标记基因筛选与分析：包括标记基因筛选、标记基因表达分布、标记基因蛋白网络分析；方法还包括步骤S6，细胞轨迹分析：包括单细胞轨迹的构建、差异表达基因的分析、细胞轨迹分支分析。采用本发明的方法分析10X单细胞转录组测序数据更准确、更丰富。
一种基于 10 单细胞转录序数分析方法

[发明专利]基于US-ELM的基因芯片表达数据分析系统及方法-CN201710596384.1有效
发明人：王之琼;李艳丽;曲璐渲;汪新蕾;赵亚楠 -专利权人：东北大学
申请日： 2017-07-20 - 公布日： 2020-07-10 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明的基于US‑ELM的基因芯片表达数据分析系统及方法包括，基因预处理单元，用于对基因芯片进行预处理以获得适用于实验的数据格式；差异基因筛选单元，基于基因表达数据矩阵寻找在基因芯片中不同个体或者是不同组织中表达发生明显变化的差异基因，获得差异表达基因矩阵；聚类单元，用于对差异表达基因矩阵进行聚类分析，得到共表达基因序列；富集分析单元，用于对共表达基因序列进行富集分析，得到关于基因所参与的多条通路，得出在数据上共表达基因序列的生物学功能解释本发明的分析系统及方法整体上提高了数据分析的准确性，差异基因处理过程筛选出更有效的明显表达差异基因，聚类处理中得出的类别在生物学解释上具有更多的相似性。
基于 us elm 基因芯片表达数据分析系统方法

[发明专利]检测基因突变及表达量的方法及装置-CN202011182844.4有效
发明人：洪媛媛;苏琳;曾雪霞;张卓;张琦;林小静;尤松霞;杨滢;何骥;陈维之 -专利权人：无锡臻和生物科技股份有限公司
申请日： 2020-10-29 - 公布日： 2021-06-15 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：本发明公开了一种检测基因突变及表达量的方法及装置。该方法包括以下步骤：S1，提取RNA，打断、反转录，得到cDNA；S2，采用cDNA构建基因文库；S3，利用捕获探针与目标区域特异性杂交从基因文库中捕获并富集目标基因；S4，利用高通量测序仪测序，获得RNA靶向测序数据；S5，分析RNA靶向测序数据中基因突变及表达量的变化；S5具体包括：S51，基因表达量分析；S52，基因过表达分析；S53，基因融合分析；S54，融合突变表达量分析；S55，单核苷酸变异分析；S56，单核苷酸变异突变表达量分析。本发明能够高效富集肿瘤相关基因表达的RNA转录本，分析这些肿瘤基因在肿瘤组织中的表达量和突变情况。
检测基因突变表达方法装置

[发明专利]内标准基因-CN202080052376.0在审
发明人：渡边慎哉;今井顺一;伊藤惠美;大竹徹;阿部宣子;立花和之进 -专利权人：公立大学法人福岛县立医科大学
申请日： 2020-07-16 - 公布日： 2022-04-22 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明的目的在于提供一种在基因表达分析中的新型内标准基因和利用该内标准基因的基因表达分析方法。本发明提供的基因表达分析方法，是被测试样的基因表达分析方法，该方法包括以下步骤：(a)测定所需基因表达水平的步骤；(b)测定内标准基因的步骤，所述内标准基因是选自由ABCF3、FBXW5、MLLT1、FAM234A、PITPNM1、WDR1、NDUFS7和AP2A1组成的组中的至少一种；(c)将所述所需基因表达水平与所述内标准基因表达水平进行对比的步骤。
标准基因

[发明专利]CmEF1α基因和CmRAN基因在甜瓜果实基因表达分析中作为内参基因的应用-CN201410608798.8有效
发明人：别之龙;孔秋生;高凌云;袁静贤;黄远;程菲 -专利权人：华中农业大学
申请日： 2014-10-31 - 公布日： 2015-02-18 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明属于基因表达分析技术领域，公开了CmEF1α基因和CmRAN基因在分析甜瓜果实的基因表达时作为内参基因的应用，所述CmEF1α基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，所述CmRAN基因的核苷酸序列如本发明还公开了一种采用实时荧光定量PCR分析甜瓜果实基因表达的方法，它是将CmEF1α基因和CmRAN基因组合的几何平均数作为甜瓜果实基因表达分析中的内参基因。CmEF1α基因和CmRAN基因在不同坐果方式的甜瓜果实的不同发育阶段均能稳定表达，是甜瓜果实发育过程中利用实时荧光定量PCR技术检测基因表达分析的可靠内参基因组合。
cmef1 基因 cmran 甜瓜果实表达分析作为内参应用

[发明专利]一种智能协同表达基因分析仪-CN201310130664.5有效
发明人：丁永生;程丽俊;程铎辉 -专利权人：东华大学
申请日： 2013-04-16 - 公布日： 2013-06-19 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种智能协同表达基因分析仪，包括基因芯片和单片机，利用基因芯片采集技术获取生物样本的基因表达谱，应用单片机嵌入式分析技术获取协同表达的基因集。单片机有四个模块组成：基因芯片表达谱读取模块；协同表达基因提取模块；存储模块；输出模块；协同表达基因提取模块的提取协同表达基因过程包含核函数选择、协同免疫克隆Memetic核双聚类算法、获取有重叠的双聚类和协同表达的基因集四部分这种智能协同表达基因分析仪可从生物样本的基因表达谱中提取\表达趋势一致的基因集和反向表达相关的基因集。通过对这些共同表达基因的寻找，不仅可以对基因的功能研究给予提示，还可以对基因调控途径和调控网络的研究给予启发。
一种智能协同表达基因分析

[发明专利]一种功能基因组可视化分析方法、电子设备及介质-CN202310211758.9在审
发明人：顾晓荣;陈新蕾;闻丹忆 -专利权人：上海立迪生物技术股份有限公司
申请日： 2023-03-07 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： G16B45/00 文献下载
摘要：本发明公开一种功能基因组可视化分析方法，其首先根据表达水平等信息对基因进行过滤，以提高有效基因的比例，然后基于过滤后的基因数据生成基因共表达相关系数矩阵，得到共表达网络，并基于基因共表达相关系数矩阵进行数据转换，得到基因的距离矩阵，最后基于距离矩阵进行降维及聚类分析，根据分析结果得到可视化的基因表达情况。其实现了更好的共表达基因网络的可视化效果，可更高效地获得共表达基因簇。
一种功能基因组可视化分析方法电子设备介质

[发明专利]一种多重基因表达的分析方法-CN201010232000.6有效
发明人：夏玉先;金凯;郑小莉 -专利权人：重庆大学
申请日： 2010-07-20 - 公布日： 2010-12-22 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：一种多重基因表达的分析方法，其特征在于：首先提取总RNA，利用各个基因相对应的嵌合引物，反转录获得各个基因的cDNA混合物，所述嵌合引物由含特定酶切位点的通用引物和各基因特异引物组成；然后利用包括所述含有特定酶切位点的通用引物进行PCR扩增得到各个基因表达标签的PCR产物；通过包括酶切、连接将代表各个基因的表达标签串联到一起，再将串联子克隆到载体上进行测序、分析；所述嵌合引物中通用引物的特定酶切位点与PCR扩增出的各基因表达标签的酶切位点不相重合本发明多重基因表达的分析方法操作简便，成本低廉，适用范围广，可同时对至少20个基因进行表达分析。本发明方法的建立将为多基因的表达分析提供了有力工具。
一种多重基因表达分析方法

[发明专利]用于全基因组关联分析的基因自动选择方法-CN202211631266.7有效
发明人：刘志岩;郑青松;郭方 -专利权人：哈尔滨星云医学检验所有限公司
申请日： 2022-12-15 - 公布日： 2023-06-09 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明提供了用于全基因组关联分析的基因自动选择方法，对所有样品进行测序得到基因芯片数据，得到基因表达矩阵；对基因表达矩阵中的基因表达值进行分类，得到分类后的基因聚类集；对得到的基因聚类集进行差异性分析，筛选出差异概率P≤0.05的基因表达值，形成第一差异表达基因聚类集合集；对得到的第一差异表达基因聚类集合进行倍数分析，识别差异基因表达值，筛选出第二差异表达基因聚类集合；取两个差异表达基因聚类集合的交集，形成关键基因聚类集；选取关键基因聚类集与基因聚类集的均值距离最近的基因作为自动选择出的目标基因。本发明精简了差异性基因聚类集，降低了关键基因重复率，提高了关键基因的准确率。
用于基因组关联分析基因自动选择方法

[发明专利]一种人类大脑基因表达时空常模的建立方法-CN201910664819.0有效
发明人：王晶;郭黎媛;林葳 -专利权人：中国科学院心理研究所
申请日： 2019-07-23 - 公布日： 2022-02-08 - 主分类号： G16B25/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种人类大脑基因表达时空常模的建立方法，收集大脑时空原始数据得到基因标准化表达数据集；构建脑区和发育阶段的二维时空框架，将所有基因标准化表达数据按脑区和发育阶段信息对应于所构建的时空框架中，得到单基因时空表达模式；采用基因共表达网络分析方法对所得单基因时空表达矩阵数据进行分析，得到多个基因模块且每个取平均基因表达量得到基因模块时空表达模式；通过对正常人类神经细胞表达数据进行分析，将神经细胞的特征性基因与所得到的基因模块进行富集分析，获得基因模块的细胞表达模式。
一种人类大脑基因表达时空常模建立方法

[发明专利]一种细胞差异表达与基因测试复合微流芯片-CN02132799.8无效
发明人：吴大朋;罗勇;周小棉;戴忠鹏;林炳承 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2002-08-23 - 公布日： 2004-02-25 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：一种细胞差异表达与基因测试复合微流芯片，其特征在于该芯片由细胞培养单元和分离单元构成，细胞培养单元为多孔点阵，每个孔通过微流通道与分离单元的流入端相连。可以用于不同类细胞的差异表达和/或基因比较分析；同一种细胞的差异培养分析；正常细胞、肿瘤细胞、可疑细胞的比较分析；基于细胞差异表达的药物筛选常规的细胞培养、表达、基因变异分析。本发明将细胞培养和细胞差异表达及基因分析集成在同一块芯片，减少了操作的成本，减少了传统的细胞培养及细胞差异表达及基因分析过程中的污染，提高了分析的速度，为细胞的差异表达及基因分析提供完全一致的分析环境，提高分析数据的可比较性。
一种细胞差异表达基因测试复合芯片

[发明专利]芋内参基因Ce049358的筛选及其应用-CN202211062057.5在审
发明人：董伟清;何芳练;蒋慧萍;刘莉莉;邱祖杨 -专利权人：广西壮族自治区农业科学院
申请日： 2022-08-31 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： C12Q1/6895 文献下载
摘要：本发明涉及植物基因技术领域，特别涉及芋内参基因Ce049358的筛选及其应用，本发明是在高表达区(FPKM)进行候选基因的分析，与同日申请的Ce047468基因相比，表达量更高、更稳定，经分析，本申请获得的芋内参基因Ce049358，能很好反映CeAGPL1在不同组织的的表达特性，可做为表达芋不同组织的内参基因，设计的特异引物还可为后续芋基因表达分析提供参考依据。
内参基因 ce049358 筛选及其应用

[发明专利]确定差异表达基因的混合线性模型两步筛选法-CN200410089205.8无效
发明人：朱军;陆燕;李亦学 -专利权人：李亦学;朱军;陆燕
申请日： 2004-12-08 - 公布日： 2006-06-14 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：一种鉴别差异表达基因的方法，其特征在于，该方法通过两个步骤鉴定差异表达基因：先将芯片数据通过噪音过滤消除大的试验系统误差，然后通过单基因模型初步判断符合显著性标准A的差异表达基因；其次，用多基因模型分析这些初定的差异表达基因，选出符合显著性标准B的基因；其中显著性标准A和B之间的关系是A/B≥5，以便控制假阳性。采用Jackknife重复抽样技术估算检验统计量的显著性，在单基因模型中将处理考察因素的方差作为初定差异表达基因的具体指标，在多基因模型中将基因和考察因素的互作效应作为鉴定差异表达基因的具体指标。本发明的方法能够提供可靠的分析结果，大大降低分析结果的假阳性概率，并大幅度提高大规模基因表达数据分析的效率。
确定差异表达基因混合线性模型筛选

[发明专利]用于嵌合抗原受体的靶抗原发现方法及分析装置-CN202180075466.6在审
发明人：崔正均;权俊河 -专利权人：韩国科学技术院
申请日： 2021-11-11 - 公布日： 2023-08-01 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：用于嵌合抗原受体的靶抗原发现方法包括如下的步骤：分析装置以单细胞单位获得肿瘤细胞的基因的表达信息；上述分析装置提取上述基因中具有阈值以上的表达量的候选抗原的基因；上述分析装置确定上述候选抗原的基因能够构成的所有基因组合；以及上述分析装置确定上述基因组合中包含在组合中的至少一个基因所表达的靶基因组合。
用于嵌合抗原受体发现方法分析装置

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